ZKX's LAB

除了ncbi还有什么可以和数据库比对的 NCBI序列比对方法与实例操作

2021-04-10知识1

除了NCBI以外还有没有数据库可以比对细菌的16s序列? NCBI是个乱七八糟的地方,很多序列是不可信的。你只看匹配率就行了,其他不用管。

NCBI序列比对方法与实例操作 最低0.27元开通文库会员,查看完整内容>;原发布者:果果之歌点击进入点击此处2113进入核酸序列比对将FASTA格式的5261序列输入这里此处4102可自动识别比对序列名称点击此处进入序1653列比对已知序列编号数据库名称比对序列长度所查询分子类型序列相似性比对图谱序列长度不同颜具有的例如,核酸序是相同序列相似性比对结果类似性积分相似度数据库相似序列名称数据库标识E值为匹配期望值。说明可以找到与搜索序列相匹配的其它序列的几率。E值越接近零,越不可能找到其它的匹配序列,其背后的含义就是E值越少,匹配度越好相似序列一:番茄ch07染色体全基因组相似序列二:潘那丽番茄ch07染色体全基因组序列编号对比空白匹配序列长度匹配范围输入序列被随机搜索出来的概率,该值越小越好相似序列,即输入序列和搜索到序列的匹配率分数越高,则同源性越好空白询问序列和数据库里面序列的互补链匹配ZB04091969(MALINGSHU)-A68-M13+_D09预测:马铃薯单酰基甘油脂酶ABHD-6相似mRNAZB04091969(MALINGSHU)-A69-M13+_E09番茄ch03染色体全基因组

我跟在生化老师后面做实验,现在写论文,要做个发育树. 在NCBI主页里点击Blast,再点击Blastn,将你的序列黏贴进去,数据库选择nr,点击页面下角的Blast.页面会自动跳转,直到出现序列比对结果页面.在比对结果中筛选你感兴趣的序列,下载序列保存为FASTA格式.推荐再利用Mega软件.

#除了ncbi还有什么可以和数据库比对的

随机阅读

qrcode
访问手机版