三尺剑，万言书，美雨欧风志不磨，天地有正气，豪杰自牢笼，数十年季子舌锋，效庄生索笔；
五丈原，一抔土，卧龙跃马今何在，冠盖满京华，斯人独憔悴，洒几点苌弘血泪，向屈子招魂。
——孙中山先生为其撰挽联
民国2年3月20日，当时中华民国国会大选，宋教仁正打算循欧洲“内阁制”惯例，以党首身份组阁，然而他却在上海火车站遇刺了，子弹从宋教仁的后背射入体内，射中了他的右肋，斜入腹部。
宋教仁被子弹击中后趴在了一张椅子上，又用手将身边的于右任的头拉到嘴边，喘息着说：“我疼得厉害，起不来了······”宋教仁的反常立即引起了重视，当时送行宋教仁的于右任、黄兴、廖仲恺等人很快就将他送到了沪宁铁路医院。
然而宋教仁的伤势过重，自知无力回天，于是又向于右任留下了遗嘱，并且让黄兴拟电报给袁世凯，在电报中告知了自己的中弹经过，以及这些年来自己的革命生涯，最后是希望袁世凯能够竭力保障民权。
3月22日凌晨4点48日，宋教仁去世了，年仅31岁。
行刺宋教仁的武士英以及指使武士英的应夔丞也很快被抓，此外警方还在应夔丞的家中发现了他与内务部秘书洪述祖的电文，电文中涉及到了行刺宋教仁的内容。
武士英是山西人，自称曾在云南当过军官，他素来与宋教仁并无交集，也不可能结怨，就是一个谋害害命的杀手；应夔丞则是近代上海青帮头子，宋教仁遇刺以后丝毫不顾及的对军警称“杀宋教仁之功首”；而洪述祖是出身于江苏常州的名门望族，先祖是清乾隆和嘉庆年间的大文豪洪亮吉。
在4月下旬，武士英突然在监狱中暴毙，而应夔丞在“二次革命”爆发后越狱逃走了，但在一年后，应夔丞就被袁世凯刺杀身亡了。至于洪述祖，则逃到了青岛。
宋教仁在当时是非常突出的革命家，不少人认为如果宋教仁不死，他可能会是中国的华盛顿，如果宋教仁不死，那么他或许会是民国最年轻的国家总统，但宋教仁在关键时候却遇刺了，关于杀害宋教仁的幕后主谋，历来也是众说纷纭。
不少人认为幕后总策划人就是袁世凯，袁世凯处处留“情”，多方设“意”，最终促成了宋教仁被刺一案的发生；不过也有人表示袁世凯一定不是元凶，《宋案元凶探渊》一书中表示宋教仁是矛盾的协调者和牺牲者。
但宋教仁在我国是举足轻重的人物，是我国近代革命先驱者之一，有“中国宪政之父”的称呼。宋教仁是于清光绪八年（1882年）出生在湖南常德桃源，在1903年与孙中山先生的第一知交黄兴相识，并且成为了挚友，后成立过华兴会。
长沙起义失败后宋教仁到了日本法政大学学习西方政治，1912年2月中华民国成立，宋教仁被任命了法制院院长，同年8月中国同盟会改组了国民党，反而在第二年的3月，宋教仁就遇刺身亡，任谁都会觉得可疑，但究竟谁才是幕后主使，直至今日，仍然是各有各的说法。
