（1）乙肝病毒的顽固性：首先，乙肝病毒有一个致密的外衣，生存能力极强，一般的消毒法，如紫外线、酒精、来苏水、开水烫等都无效。其次是乙肝病毒复制十分特别，DNA能迅速地复制，能复制出大量的各种抗原，再组成一个活病毒，繁殖非常之快。乙肝病毒复制的主要场所不是在血液中，是在肝细胞内，各种杀乙肝病毒药物一般只能抑制、杀伤来自血液中的病毒，而不能进入肝细胞内去杀病毒。所以，有些两对半全部转阴的患者一做肝脏穿刺发现肝内依然有乙肝病毒。
（2）乙肝治疗的复杂性：乙肝治疗有抗病毒治疗、调整免疫治疗、保肝互肝治疗、抗纤维化治疗、对症治疗等，这些环节相互影响，相互作用，互为因果。不同阶段的主要矛盾不同，治疗重点也不同。如果再有乙肝合并丙肝、丁肝的重叠感染或乙肝合并糖尿病、结核、肾病等，治疗难度会更大。
（3）我国乙肝患者中约50%左右为母婴传播。这些患者带毒时间长，处于免疫耐受或病毒基因与肝细胞基因整合态状，这给临床治疗带来很大困难。
（4）由于广大农村或偏远山区医疗条件较差，经济水平较低，许多乙肝患者直到病情较危重时才来就医，失去了治疗的最佳时机。
（5）乙肝病情极易反复发作，许多乙肝患者治疗出院后往往因酒而发、因气而发、因劳而发。而发作一次都加重一次肝损伤，很快向肝硬化发展。
乙肝之所以难治是因为乙肝病毒存在于肝细胞核心内，常规治疗给药方式传统，药物分子过大无法直达病灶部位，无法源头解决乙肝患者核心问题。
乙肝是由乙型肝炎病毒引起的以肝脏病变为主的一种传染性疾病，要想治好乙肝，首先需要做的就是源头清除病毒，只有病毒得到根源解决，才能阻断病情进展，达到自己心中理想的治疗效果。
肝胆卫士李亚磊表示：慢性肝炎常以正气虚弱为本，邪实为标。目前“龟源治肝七法”在治疗上，当以扶正为主，祛邪为辅。其中“三叶清肝排毒汤”临床上常用于肝炎患者，可增加肝细胞的线粒体数量，提升肝脏代谢物质能力，促进分泌细胞因子，修复肝脏排毒能力，清除体内垃圾、毒素，为实现病毒阴转起到积极的作用。
