在整个17世纪前期，荷兰东印度公司的海外扩张都显得顺风顺水。尽管常在缺乏土著力量支持的区域失败，但终究依靠各种手段在南洋收获甚多。尤其是巴达维亚总部的建立，让其确立了称雄香料群岛→日本的既定方针。但西属菲律宾的存在，还是让公司股东们感到骨鲠在喉。那里也成为荷兰人屡屡用兵的重点目标。
马尼拉的西班牙据点 一直是荷兰垄断体系的眼中钉
由于在台湾建立北进基地，荷兰商船实际上已经控制了对日贸易的半壁江山。但他们的最大目标，还是由明朝控制的福建沿海。然而，来自厦门、福州和漳州的大量海商，往往不能满足于只到对岸出货。更期望直抵马尼拉，从西班牙人手里赚取廉价白银。当大型的福船容易遭荷兰人堵截，他们就换上小艇从沿岸偷偷绕道，让东印度公司的计划不攻自破。加上荷兰当时还无权独断对日贸易，就免不了要同数个阵营不断争夺。
大量的福建海商 依旧喜欢去马尼拉与西班牙人贸易
到1646年，巴达维亚当局终于忍无可忍，决心以最终方案拔除菲律宾问题。此前的他们，其实已经向吕宋岛派遣过多批船队，但目的仅限于劫掠和摧毁外围据点。西班牙方面受制于欧陆的三十年战争牵制，无法获得任何强有力支援，却有着更为丰富的海外生存经验。通过建立沿海的烽火系统，为来自墨西哥的白银运输船预警。再以分布在岛屿和港口之间的炮位，打击任何会随时闯入的敌船。这些低成本的防御措施，迫使荷兰人决定集中兵力对菲律宾实施鲸吞。
西班牙人的太平洋贸易 很难遭东印度公司截断
当年2月，东印度公司从巴达维亚派出了18艘战船和超过800名士兵，分成三支舰队杀向北方水域。其中的第一舰队由4艘盖伦帆船和1艘快艇组成，将前往北部煽动那些不满西班牙征服的土著。顺便堵住来自福建的明朝商船。第二舰队有5艘盖伦帆船和2艘火船，赶往圣贝南迪诺海峡，拦截从墨西哥驶来的运保大帆船。目的就是断绝西班牙驻军的经费支持。另有6艘小艇组成的第三舰队，负责以上两匹部队的联络，并切断吕宋到婆罗洲之间的联系。在各分队完成初步任务后，将到马尼拉集中发起总攻。
荷兰人为进攻吕宋 准备了大量兵力
相比之下，西班牙方面不仅很晚才得到入侵消息，战备情况也非常不堪。由于经济衰退和海难，当时只有2艘老旧的大帆船停泊在马尼拉附近。虽然吨位都在500吨以上，但却没有什么武装且状况较差。城市本身则刚刚经历了大规模地震，连带周遭的土著村庄都严重受损。为了能应付这场大规模袭击，他们将分布在各岛屿的守备队后撤集中。随即又将许多岸炮拆除，安装到手头仅有的伊卡纳菲尔号与罗萨里奥号上。这样，不仅每艘船有至少30门大炮，还有额外的100名火绳枪手加强战力。
菲律宾守军 只有2艘旧的运宝船可供使用
鉴于对方已主动分散了手头兵力，西班牙人决心利用内线优势主动出击，对荷兰舰队施行逐个击破。他们首先向北行驶，攻击正在策反土人群体的荷兰第一舰队。后者在当地也极不受待见，因此就不能获得任何援助。当2艘西班牙大帆船在3月15日突然靠近，所有荷兰人都对此大吃一惊。在之后爆发的激战中，两军先后对射长达5个小时。荷兰旗舰在西班牙人的第一次射击被命中，整个船头遭重炮直接撕裂。由于这些武装商船的吨位大都小于西班牙运宝船，士兵的战斗素质也远远不如伊比利亚对手，所以打的非常艰难。他们尝试以多艘船包围700吨的伊卡纳菲尔号，却又在重炮和火绳枪的连番还击下损失惨重。直到夜幕降临，才由险些沉没的旗舰带头，脱离与西班牙人的接触。后者则在海战中没有任何人员阵亡。
荷兰战舰在面对西班牙船时毫无优势
随后，2艘大帆船回到吕宋的港口进行修补，并在4月中旬往南前去保护太平洋贸易航线。此时，兵力最为雄厚的第二舰队已开始进攻三宝颜的西班牙据点。期望控制吕宋到香料群岛之间的航线，并截获当年从墨西哥驶来的白银运宝船。但当地的30名西班牙驻军，带领着大量土著附庸进行了顽强抗击。在长达2个月的炮击和围攻中，先后打死了100多名荷兰士兵。等到2艘大帆船抵达战场，东印度公司的舰队又因不甘心失败而继续对峙了31天。
少量的西班牙驻军 就可以抵御大队荷兰人进攻
荷兰指挥官此时做出判断，自己的目标已经提前得到预警，会绕道附近水域去往马尼拉卸货。于是抢先率领7艘船离开，并将2艘西班牙大帆船从设防锚地中吸引出来。当发现体积较大的伊卡纳菲尔号位置过于前突，又突然掉头对其实施包围。结果，惨烈的海上对轰场面再次出现。西班牙旗舰依靠重炮火力与自身的坚固船体，在夜间的数小时内硬抗5艘荷兰盖伦帆船。落在后面的罗萨里奥号，在大分部时间内只能从远处发炮支援。荷兰人还在战斗间隙释放1艘火船扑向伊卡纳菲尔号，却被对方的压制性火力摧毁，几次跳帮尝试也都遭火枪手齐射阻挡。最后只等在天亮时扬长而去。
东印度公司的帆船 在单舰战斗力上落于下风
愈战愈勇的西班牙人，则不经调整的立刻进行追击。经过大半天的追赶，迫使荷兰舰队再次调头决战。结果，大型运宝船的优势被进一步放大。在距离较远的火炮对轰中压制了东印度公司舰船，让惯于使用较小吨位船舶的他们叫苦不迭。慌乱中，荷兰人再次释放火船冲锋，并特意安排2艘战舰护送其靠近目标。然而，行动还是被大帆船的密集弹幕所遏制。提前被引爆的火药，便将整艘船和上面的士兵都瞬间带入海底。迫于无奈，荷兰的第二舰队又只能利用夜幕迅速脱离接触。
横渡太平洋的大帆船 无疑比荷兰船只更为坚固
此时，西班牙人觉得自己已获得了完胜，进而开始放松对周遭海域的警戒。但从吕宋起航的圣迭戈号商船，还是在通过圣贝纳迪诺海峡时，发现有3艘荷兰战舰在那里来回巡弋。由于没有强大的自卫火力，这艘幸运的帆船在奋力挣脱追捕后，将危险信号带回了马尼拉。西班牙当局立刻着手反击，并再次将城市要塞的火炮装载到圣迭戈号上加强武备。同时，还有新组建的辅助船队，由1艘加莱桨帆船和4艘双杆快船协同主力舰进行最后决战。
本地土著的支持 让西班牙人得以全力应付荷兰对手
1646年的10月4日，双方舰队上演了这场马尼拉战役的最后一幕。由于伊卡纳菲尔号被洋流带离其他战舰，遭到3艘最好的东印度公司战船群起围攻。其中就包括装载40门火炮的舰队旗舰，对老迈的西班牙大帆船形成严重威胁。然而，荷兰人发现只有抵近射击，才有可能将坚固的大帆船击毁。但他们的靠近，又给西班牙人以释放全部火力的机会。经过4个小时的激烈对轰，又是荷兰人首先支撑不住。但突如其来的无风窘境，又让3艘帆船无法立刻脱离接触。闻风赶来的西班牙桨帆船，却可以通过人力向他们继续发起攻击。直到海风重新吹拂战场，才让惊恐万分的荷兰人成功脱逃。
桨帆船的介入 让西班牙人可以在无风时继续进攻
至此，东印度公司策划的这次马尼拉战役，就以彻底失败而宣告结束。他们不仅为战争耗费了大量欠款，还付出了数百人伤亡的巨大代价。但却只给看似弱势的西班牙守军，造成不足百人的损失。
此后，荷兰人依旧能控制南洋的半壁江山，却明白自己无力夺取西属菲律宾的控制权。好在与他们势不两立的西班牙人，更没有能力向南攻击巴达维亚。日后的菲律宾与印尼两国边界，就在这样的长期对立中孕育了雏形。
