1908年11月15日下午5点，慈禧太后病逝于中南海仪鸾殿，享年74岁。就在慈禧死前一天，她将光绪皇帝用砒霜毒死，并立三岁的溥仪为帝。
据记载，慈禧太后在临死当天病情突然加重，一度陷入昏迷状态。太医手忙脚乱之下，给她开了一个生津益气的方子，慈禧服下之后稍微清醒。
谁也想不到，光绪会死在慈禧的前面，但这却已成为事实。在后世的考古中，光绪被证实死于砒霜中毒，这似乎也就解释了为什么光绪这位还是而立之年的皇帝，会死在已是迟暮之年的慈禧前面。而对于杀害光绪的真凶，目前史学界尚无定论，有说慈溪，也有说是袁世凯，甚至还有人说是李莲英，终之是众说纷纭，让人眼花缭乱。
其实自从清朝入关以来，就吸取了明朝阉党之患的教训，对太监的权力限制的很严重，让他们完全没有了干涉朝政的机会。但是自慈禧宠幸安德海、李莲英开始，这个局面逐渐发生了变化，太监们开始通过对慈禧这个“女皇帝”施加影响来渐渐地掌握对国政的控制权。这一点从安德海利用御史上奏弹劾军机处的机会，就解除了奕訢 “议政王”的地位便可见一斑。但慈禧这个时候却又说宦官当权误国，命后人谨记要限制宦官的权力，足见慈禧之可笑，自己接连啪啪打脸。
从慈禧太后的这三天遗愿可以看出，第一条是希望能让自己的血脉继续统治大清，而后面两条则是打脸自己以前的行为，因此至今仍被人唾骂。慈禧晚年的临终遗言，令世人震惊，也给历史留下了一团迷雾，人们一直不明白这样一个成功坐上女皇交椅的铁血女人，这样一个有效控制大清王朝长达半个世纪的铁腕太后，何以留下这样的遗言，这是一个历史之谜，人们迷惑不解，一个王朝的命运如同个人的命运一样，仿佛都是上天的安排。
