肾结石一般情况会分为草酸钙结石、磷酸钙结石、磷酸铵镁结石、尿酸结石以及遗传性疾病伴发的结石，如原发性高草酸尿、胱氨酸尿、腺嘌呤尿。
最常见的结石为原发性草酸钙结石，主要与代谢异常有关，如原发性尿钙增多、低枸橼酸尿、摄入过多致尿草酸盐增多。典型的组织病理特点为斑块，即磷酸钙沉积在肾间质，周围无炎症反应，是由首次描述的。其他原因引起的草酸钙结石，钙沉积在 管（髓质内带集合管）及髓质外带集合管，而且有明显的炎症反应和之后引起的纤维化。
磷酸钙结石可引起管堵塞，进而导致肾小管上皮细胞损伤、脱落、管周纤维化、皮质损伤。磷酸铵镁结石和细菌感染有关，在碱性尿液中形成。当结石快速增长，形成鹿角型结石，填充整个集合系统，导致明显梗阻，严重影响肾功能。大的鹿角型结石可引起肾乳头坏死。
在西方国家中，尿酸结石占结石中比例的 8%～10%，随着人口老龄化及肥胖，呈增高趋势。尿酸结石在酸性尿中形成，尿酸结晶沉积、髓质外带集合管及肾间质，引起炎症反应及纤维化。
原发性高草酸尿主要是由于草酸盐结晶堵塞肾小管，不伴有炎症反应。胱氨酸尿损伤的机制是肾小管堵塞，导致细胞损伤，间质炎症，肾小球丢失，皮质纤维化。腺嘌呤结石和尿酸结石一样，是阴性结石，因此早期常被误诊为尿酸结石，延误治疗，引起的病因目前不清楚。病肾组织损伤的典型表现是肾钙质沉着症和间质纤维化。
