明成祖朱棣将武当山推向鼎盛。他在起事之前，将真武大帝作为“奉天承运”的凭托，因此在登基后将武当山奉为皇室家庙。到嘉靖皇帝时期，武当山栋宇之盛，盖旷古未有也。除了修建武当山道观外，明朝还加强对武当山的管理，扶植武当道教，将武当山所有道士作为国家神职人员进行供养，授予其中德高望重的道士正六品提点。同时大力保护武当山自然景观。
是为北宋宋徽宗送葬。在宋徽宗之前武当山和玄武没有关系，只记载有人在武当山修道成仙，到宋徽宗的宣和年间，信奉道教的宋徽宗开始在武当山上，修建紫霄宫祭祀玄武，南宋以后玄武在武当修道的传说，就深入人心了。玄武又称真君，宋徽宗为避讳宋真宗，便改为真武。北极佑圣真君者，乃玄武七宿，后人以为真君，作龟蛇于其下。宋真宗避讳，改为真武。靖康初，加号佑圣助顺灵应真君。《明史·卷五十·志第二十六》
此后的道教人士开始，给真武大帝编造身世。给真武大帝画的画像上说：真武大帝本是净乐国太子，后在武当山修道，并且得道飞升上天，奉上帝之命镇守北方，披着头发打着赤脚，拿着浅黑色的大旗，图志云：“真武为净乐王太子。后来明太祖朱元璋平定天下，觉得受到真武大帝庇佑，于是在南京建立真武庙祭祀，后来朱棣靖难成功后，也觉得是真武大帝帮助他才能成功，于是在北京的同时一并重建武当山的庙宇，过年时派遣官员代表他祭祀，并且对武当山设立专门管理人员。国朝御制碑谓，太祖平定天下，阴佑为多，当建庙南京崇祀。
朱棣靖难之役的时候，几次都陷于危险之地，后来都成功脱困，最终夺得天下，他觉得自己能逢凶化吉、化险为夷，而且自己又是从北往南打，是得到了北方之神玄武大帝的帮助，因此开始大修武当以报玄武大帝的恩情。如果要感念玄武的帮助，他大可建一个真武道观就好了，为何要30万大军，耗费十多年以及无数的银两，在当时个没有多少政治军事价值、交通就是一条汉江，经济价值也高不到哪里的地方，来修建一个工程浩大的建筑，个人感觉原因更应该是，树立他的继承皇位的正当性。
在那个以嫡长子继承制的时代，朱棣以篡位的手法获得皇权不得人心，只能用屠杀的拳头反制那些不服从的人，如方孝孺、铁铉等。但是屠杀和灭族是诛天下所有人的心，硬的不行只能使用软的，借用真武大帝修仙的故事，给自己加上合法的外衣。如真武大帝本是净乐国的皇子，15岁出家悟道修行，最终在武当上得道飞升成仙，被上帝封为北方之神的玄武大帝。
而朱棣也是皇子，且年纪很小的时候，就被朱元璋安排出京，前往燕京就藩，后来通过自己的努力，从北打到南最终夺得天下，他以自己的经历比拟真武大帝，因此大修武当山，而且武当山的建筑从远处看，就如同玄武造型。据说其修武当时真武大帝的面貌，就是依朱棣的面貌刻画，从而塑造他就是真武大帝的化身，以获得君权神授的合法性，这与汉高祖刘邦是蛟龙盘刘太婆而生，武则天以为自己是神仙下凡是一样的道理。
再一个就是传说朱棣为了以访张三丰之名寻找建文皇帝。话说，洪武初年张三丰以武当山为根据地，经常往返于西安、 岷州、陇西等地。朱棣登基后听说建文皇帝逃至武当山，于是派礼部官员胡瀅名义上去寻访张三丰，实则是去寻找建文皇帝。但张三丰早已不知所终，朱棣命人在武当山下修建遇真宫，希望可以在这里遇到张三丰，但还是没有遇到张十三丰，朱棣认为张三丰觉得自己心不诚，于是派兵大修武当，希望可以见着真人张三丰，同样都没有找到。有明代的书籍记载认为，朱棣大修武当其实就与郑和下西洋一样的目的，就是寻找建文皇帝。
朱棣新建北京的同时，还要花费巨资南修武当和支持下南洋，具体目的为何恐怕只有他自己知道了。
