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如何看待大量土木工程从业者选择转行? 如何用mega剔除重复基因

2021-03-23知识0

如何看待大量土木工程从业者选择转行? 这有什么好奇怪的,付出和待遇极度不匹配,行业文化也糟糕。本科Melbourne Uni,honors,之后两个postgra…

mega软件制作发育树的使用教程,如何从BLAST分析完了以后的过程请详细说明。谢谢 软件使用看下网上教程即可。哦,提醒一句,这活做好了可不轻松,这事儿不要做系统发育树的话,在NCBI上BLAST没有用啊,BLAST是用来搜序列的。你要

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使用MEGA建进化树,在对多序列进行比对后,是否需要把左右两端切平整,把突出来的删去再建树?

如何使用序列比对软件mega 6,Mega6是一款非常优秀的序列比对软件,在生物信息学分析方面有着广泛的用途和极大的便捷性,在这里给大家简单分享一下这个软件一些常用的功能。

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同样的数据,为什么每一次分析的Bootstrap值不同 很正常的,特别是当一些分枝之间的遗传距离很相近,没办法确定分枝之间的进化关系。我不知道你清不清楚bootstrap的算法。如果你用的是序列的话,简单的讲就是把序列的位点都重排,重排后的序列再用相同的办法构树,如果原来树的分枝在重排后构的树中也出现了,就给这个分枝打上一分,如果没出现就给0分,这样经过你给定的repetitions次(至少1000次)重排构树打分后,每个分枝就都得出分值,计算机会给你换算成bootstrap值。重排的序列有很多组合,值越小说明分枝的可信度越低,如果数据本身的信息量不足以判断亲缘关系的,这样构出来的树肯定每次都不一样,算出来的值也不同,一般50以下的值都都要剔除。而且值mega的话,会在你的original tree上给出bootstrap值,也会给你总结出一个consensus tree,你会看到这两个树可能topology都不大一样。? 当然如果你repetitions的次数很大的话,可能会好点,不过机器可耗不起,特别是构mp树的时候,据文献说2000次的话能得到一个95%confidence。数据比较好的话,100次重复也能得到很高的bootstrap的。最好根据数据的情况选用不同的构树方法和模型。

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