蛋白酶的作用机理 蛋白酶主要是识别肽键两侧的氨基酸残基的R基，这个识别多数是利用空间位阻。普遍认为当蛋白酶识别特定的R基，与之结合，自身的构象发生改变和一些自身氨基酸的R基使肽键断裂
胞外蛋白酶的分离纯化、理化特性及其基因克隆 近年来，从木霉菌中分离到多种胞外蛋白酶，多为丝氨酸蛋白酶和天冬氨酸蛋白酶（表10.12）。蛋白酶分子量范围为21～45kDa，大小不等。不同木霉菌株可以产生分子量、氨基酸序列和核酸序列类似的蛋白酶。Geremia等（1993）从黄绿木霉中分离纯化到1个与枯草杆菌素类似的碱性丝氨酸蛋白酶PRB1，类似的蛋白酶在哈茨木霉中也被分离到。另外1个胰蛋白酶类似的丝氨酸蛋白酶PRA1从哈茨木霉和绿色木霉中被纯化得到，而且PRA1被证实有杀线虫的功效，能明显降低南方根结线虫卵的孵化率（Suarez et al.，2005）。里氏木霉在添加纤维素酶诱导剂的情况下可分泌酸性天冬氨酸蛋白酶。另有报道一种pH值依赖的天冬氨酸蛋白酶从绿色木霉中被分离到（Suarez et al.，2005）。表10.12 不同木霉菌株来源的胞外蛋白酶及蛋白酶基因续表注：N.R.为未发现。在过去几年，随着人们对木霉蛋白水解系统遗传背景研究的关注，部分木霉蛋白酶基因陆续被克隆出来。基因 prb1是最早被克隆到的木霉蛋白酶基因，编码丝氨酸蛋白酶PRB1，对其启动子分析结果显示prb1含有与氮、碳调节分别相关联的AreA和CreA位点，以及4个重寄生应答元素位点（mycoparasitic response elements，MYREs）（Geremia et al.，1993）。。
碱性蛋白酶是什么？ 碱性蛋白酶，指在碱性条件下能够水解蛋白质肽键的酶，最适pH在9~11范围内。广泛应用于洗涤剂、食品、医疗、酿造、丝绸、制革等行业。碱性蛋白酶是经细菌原生质体诱变方法造育的2709枯草杆微生物通过深层发酵、提取及精制而成的一种蛋白水解酶，属于一种丝氨酸脆外高碱性蛋白酶，它能水解蛋白质分子肽链生成多肽或氨基酸，具有较强的分解蛋白质的能力。生产工艺是采用微滤超滤膜分离、喷雾干燥或真空冷冻干燥等先进技术，广泛应用于食品、医疗、酿造、丝绸、制革等行业。
角蛋白酶的理化性质 目前已分离纯化的角蛋白酶的分子量差异较大，从十几kDa到几百kDa不等。较小的为单体酶，有报道来自Nesternkonia spAL-20的角蛋白酶，分子量为18kDa，较大的为复合酶，如嗜热厌氧菌产的角蛋白酶可达200kDa以上。大部分角蛋白酶的分子量集中在30～70kDa之间，如HSIN-HUNG LIN报道的铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa）产的角蛋白酶大小为30kDa，嗜麦芽黄单胞菌（Xanthomonas maltophilia）产的角蛋白酶大小为36kDa，近平滑念珠菌（Candida parapsilosis）的角蛋白酶为60kDa。枯草芽孢杆菌产角蛋白酶的分子量为60kDa。角蛋白酶的最适反应pH以中性到碱性居多，一般为7到10之间。个别角蛋白酶最适pH可达到12左右。酸性角蛋白酶比较少，大都为某些真菌，如须毛藓菌产的角蛋白酶最适pH为5.5，白色假丝酵母为4.0。角蛋白酶的最适反应温度一般在40℃～60℃，如Microbacterium的最适温度在55℃，也有温度要求较低或较高的角蛋白酶类，如Stenotrophomonas sp.D1.为20℃，而Fervidobacterium islandicum AW-1的膜结合角蛋白酶的最适温度高达100℃。角蛋白不溶性于水及大部分有机溶剂，使得角蛋白酶活性测定比一般蛋白酶困难。常用测定角蛋白酶的原理是以底物水解后释放的。
胶原蛋白的理化性质 一般是白色、透明的粉状物，分子呈细长的棒状，相对分子质量从约2kD至300kD不等。胶原蛋白具有很强的延伸力，不溶于冷水、稀酸、稀碱溶液，具有良好的保水性和乳化性。。
