明南京城墙形制不规则，这在中国历史上是一个空前绝后的特例，对此，有如下的一些说法：军事需要。平民出身的朱元璋是靠战争夺取天下的，因此，军事需要就成为南京城墙修筑的重要指导思想。“高筑墙”是明初重要的防御思想，其具体做法就是“依山傍水”，利用现有的地形构筑城墙，达到最大的防御效果。朱元璋在京城城垣的设计上，部分采纳了都城以矩形为主的古制。
明南京城垣包含了南唐和南朝矩形城址，同时向东扩建的皇城，也为矩形，向北避开玄武湖，向西错开，扩大形成了另一个矩形。北半城沿着自然山水走势筑城，把城西一系列小山丘如石头山、古平岗、马鞍山、华严岗、四望山包含在内，将鸡笼山、狮子山、覆舟山、富贵山等山脉制高点全部括入城内，并把前湖、玄武湖和琵琶湖，分别作为护城河。西南两面则以外秦淮河为护城河。
毫无疑问，这样的都城布局最有利于军事防御。皇权至上思想。关于京城城墙的形状，有的说它为“目前所见到的壶状(葫芦、瓶)形态”，隐喻了道教以壶天、壶中为圣地，以壶公为神仙的思想；有的说它“周边随着地形曲折围合而成，其总平面西北窄，东西宽，呈宫扇形”；还有的说它“呈非方、非圆的不规则多角不等边的粽子形”；更有人认为，它依照天上的星宿布局，十三个城门对应了十三个南斗北斗星，体现了朱元璋“皇权至上，永为人主”的欲望。其实，新设的城门放置何地，均有其内在的原因。
如介于石头、马鞍二山之间的定淮门，是明清时柴草交易场所，也是大江南北的交通要道。太平门在富贵、覆舟二山之间，明代司法机构及明初常遇春、李文忠、徐达等功臣墓均在钟山之阴，都需从这里出入。朝阳门是通孝陵的必经之路。仪凤门在狮子山西侧，是出入长江必经之路。明初，特别是刚占领南京时，朱元璋及其将领还是一帮农民起义军，他们更注重实用，他们完全是根据作战的经验和防御的需要来修筑城墙。即使他们受到了一些知识分子的影响，但朴实的实用理念仍主导他们的思想。可见，所谓南斗北斗，并没有多少令人信服的根据。
