甲状腺激素过多会影响全身多系统多器官，包括肌肉、神经、骨骼、血液、心血管和内分泌系统。
由于甲亢病人症状与劳累、情绪有关，休息后病情常常减轻，病人错误地认为甲亢治好了；有些甲亢病人在短期药物治疗后，甲亢得到控制也错误地认为甲亢治愈了，就随便将药物停了。他们不知道甲亢得以控制是药物的作用，甲亢的药物治疗过程至少需要1年至1年半左右，个别病人需要2～3年，甚至更长的时间。服药数周或数月停药后，甲亢必然复发，甲亢仍然不能得到及时的治疗，延误了病情。由于甲亢患者代谢亢进，食欲增强，相当一部分人错误地认为“只要胃口好，能吃饭，就没有大病”，将甲亢引起的心悸、消瘦解释为“累了，休息休息就没事儿了”，结果延误了治疗。我们在门诊遇到一些病人，几年前化验单就异常了，没有引起重视，结果几年后再来就诊时已经发展成心房纤颤、心脏扩大。再去查阅以前的化验单，发现数年前检查的甲状腺激素就明显升高了。
甲亢影响最明显的是心血管系统，因为心肌细胞上T3受体较多，所以心血管系统对过量甲状腺激素的反应较强，我们在临床遇到一些长期甲亢控制不满意或治疗不正规的病人，特别是老年病人，由于甲状腺激素长期作用于心脏，心脏变得扩大，出现心房纤颤、血栓栓塞性疾病，甚至出现心力衰竭而死亡。
甲亢控制不好的病人，蛋白质和钙磷代谢负平衡，将发生骨质疏松。病人主诉骨痛，腰痛，腰椎拍片为压缩性骨折，摔跤跌倒后容易发生骨折。
长期甲亢控制不好的病人，全身各个脏器受到影响，功能衰竭，全身营养不良，很容易发生感染性疾病。特别是极个别病人在感染、劳累、各种应激的作用下，会发生甲亢危象，表现为高热、腹泻、谵妄甚至昏迷，合并心力衰竭、休克和黄疸等预后不佳，死亡率较高。
