洪武三十一年，朱元璋驾崩，皇太孙朱允炆继位，改元建文。朱允炆虽然是朱元璋钦定的继承人，但是他的皇位并不稳当，其实明太祖也预料到了孙子的皇位可能会不稳，所以也煞费苦心地为他铺路，从结果来看，朱元璋的愿望最终还是化成了泡影。
朱允炆是皇太子朱标的第二个儿子，母亲是朱标的侧妃吕氏，朱标的妃嫔有记载的只有元配常氏和次妃吕氏。元配常氏是常遇春之女，洪武四年被册为皇太子妃，洪武七年十月，生下了嫡长子雄英。洪武十年十一月，朱标第二子朱允炆出生，由次妃吕氏所生，过了一年，洪武十一年十一月常妃生下朱标第三子，也是嫡次子朱允熥，仅过十日，常妃便去世，朱元璋素服辍朝三日。洪武十五年去世，朱雄英去世，年仅八岁，朱元璋十分悲痛，追封为虞王。
太子朱标在明代官方记载里是朱元璋的嫡长子，与秦、晋、燕、周四王是同母兄弟，但朱元璋前五子的生母一直是明史疑案，众说纷纭。洪武元年正月，朱元璋登基后就册发妻马氏为皇后，朱标为太子，洪武三年，朱元璋将九个儿子封为亲王：第二子樉为秦王，第三子为晋王，第四子棣为燕王，第五子橚为吴王，第六子桢为楚王，第七子槫为齐王，第八子梓为潭王，第九子杞为赵王，第十子檀为鲁王，并把侄孙朱守谦封为靖江王。
朱标在太子位上二十五年，老朱对他抱有很大的期望，在洪武初和诸臣议事时指着太子说：太子年幼，未历世故，朕尝以此意诲之，使他日汝子成立，与吾儿共享太平，常如今日，则子子孙孙，无有穷也。
明太祖朱元璋
朱元璋曾经问朱标功课，朱标说到汉景帝七国之乱，老朱问朱标七国之乱错在谁？朱标说七国，老朱说，这是讲官偏执的说法，应该讲汉景帝七国之乱错在景帝，轻信晁错，黜削诸侯土地，和诸子讲这段的时候应该讲藩王要上尊天子，下抚百姓，为国家藩辅，这样太子知道爱护兄弟，诸子知道拱卫皇室，尽君臣之义。
朱元璋为了藩王和中央的关系也是煞费苦心，给藩王亚天子一等的政治地位，朝廷使臣如果路过藩王封地，必须去拜见，如果故意迂回躲避，斩！藩王封地的地方官在朔望日都要去王府门口候见。同时，又对亲王做出严格的防范，新天子登基藩王三年不能入朝。鉴于前代有权臣势大之事，朱元璋还特意说明如朝无正臣，内有奸恶，则亲王训兵待命，天子密诏诸王，统领镇兵讨平之，这也成为日后朱棣发动靖难之役的依据。
朱标在太子位上二十五年，兢兢业业，老爹难伺候，兄弟们也不是省事的主儿，个个不安分，飞扬跋扈，手握重兵，能征善战。洪武二十五年四月，年仅38岁的朱标去世，葬于孝陵东，朱标死后一个棘手的问题出现了，谁是新的储君？由于种种原因，朱标死后储君议立的记载在实录被抹掉了，我们只知道在洪武二十五年九月，时年15岁的朱允炆被立为皇太孙。此时朱元璋已经六十五岁了，皇太孙虽然饱读圣贤书，可是他的叔叔们可都不是好对付的主儿。
朱元璋为了给建文帝铺路可谓是煞费苦心，洪武二十六年，蓝玉被诛杀，一块被杀的还有鹤庆侯张翼、普定侯陈桓、景川侯曹震、舳舻侯朱寿、会宁侯张温、东莞伯何荣、吏部尚书詹徽等，还编了个名册《逆臣录》。开国六国公至此全部去世，常茂死于谪所，李善长、冯胜被杀，徐达、李文忠、邓愈病逝。
洪武二十八年，朱元璋第二子秦王朱樉去世，洪武三十一年，第三子晋王朱?去世，晋王与燕王素来不和，而朱元璋对晋王、燕王最为重视，经常让二王将兵出塞及筑城屯田，朱?去世后，燕王成为宗室诸王最长，且兵权最大，已经无人可以压制燕王。
朱元璋在朱?去世后给他的儿子朱济熺下诏，引了一段资治通鉴中李克用死后的记载，最后一句话说道“生子当如李亚子，克用为不亡矣”。言之外意是让朱济熺学习一下李亚子，牵制当时已经势大的燕王，但后来的事实证明，朱元璋还是失望了。
洪武三十一年闰五月，朱元璋驾崩，但遗诏却没有被明实录记载全文，仅有几句话：丧葬仪物，一以俭素，不用金玉，孝陵山川，因其故无所改。天下臣民出临三日，皆释服，无妨嫁娶，太祖实录最后朱元璋临终前问左右燕王在哪，然后驾崩，这自然是朱棣为了继位合法而粉饰自己，在《明史》中朱元璋遗诏全文记载如下：朕膺天命三十有一年，忧危积心，日勤不怠，务有益于民。奈起自寒微，无古人之博知，好善恶恶，不及远矣。今得万物自然之理，其奚哀念之有。皇太孙允炆仁明孝友，天下归心，宜登大位。内外文武臣僚同心辅政，以安吾民。丧祭仪物，毋用金玉。孝陵山川因其故，毋改作。天下臣民，哭临三日，皆释服，毋妨嫁娶。诸王临国中，毋至京师。诸不在令中者，推此令从事。
《明太宗实录》中一口咬死是朱允炆矫诏，所以只写了几句，不过帝王遗诏很多都是由嗣君代写，所以这遗诏究竟有多少是朱元璋本人的意思就不可知了。
建文帝登基后首件大事便是削藩。登基后第三个月，周王次子诬告其父谋反，建文帝便将周王一家废为庶人，发配云南当野人。建文元年正式改元，将朱标追封为兴宗，常妃追封为孝康皇后，弟允熥为吴王，允熞衡王，允熙徐王，之后又相继废了齐、代、岷王，湘王被逼自焚，七月燕王朱棣就起兵造反，之前经过多轮和朝廷扯皮，朱棣的理论已经相当完备：皇帝被奸臣齐泰黄子澄蒙蔽残害宗室，违背太祖皇帝封建藩屏的祖制，本王奉皇明祖训，清君侧，靖内难。
太宗实录也是以这个论调来记载靖难，然而再怎么正义凛然，毕竟还是通过造反上位的，朱棣死前还能对建文帝一系大加屠戮，但朱棣死后，为建文遗臣翻案的已经大有人在了，到了世宗时，有人直接向皇帝上书称齐泰黄子澄方孝孺等人都是大忠臣。当时夏言是这么和世宗说的：所列死事诸臣，固有一时自尽其心，以明臣节于建文君者，若齐泰、黄子澄辈，则是当时误国有罪之人。太宗文皇帝名其如君侧之恶，声其罪而诛之者也。具载实录，昭然可考。非赖我太宗应天顺人，内靖外攘，则我高皇帝万世帝王之业当未知何所底定。此我太宗神功圣德，所以宜为百世不迁之宗也。
终明朝之世，建文遗臣的后人虽然被陆续被朝廷宽侑，但并未正式平反，建文帝自己的下落也是明史第一悬案，建文帝的元配皇后马氏自焚，长子朱文奎和建文帝一样不知所终，幼子朱文圭被关在凤阳，英宗时才放出来。
朱标的其他儿子也被牵连，吕太后在永乐初就被赶到东陵居住，把朱允熥、允熞、允熙降封为郡王，允熞，把允熥、允熞打发到福建和江西，允熙和吕太后一起去东陵守陵，不久又把允熥、允熞召回，废为庶人，理由是不能匡扶兄长，也就是建文帝，后来建文的三个弟弟相继暴毙。
朱标的嫡妻是常遇春之女，所以按照宗法，建文帝的外祖父是常遇春，但常遇春一系的记载在太宗时却只字不提，洪武二十四年常茂死在谪所，弟弟常升袭爵，但常升后来如何却从实录里神秘地消失了，“洪武中，开平忠武王常遇春祠坟俱有定制，建文中增修过度，请复其旧”建文对外祖还是很尊敬的，但在朱棣这里开平忠武王这一系已经是荡然无存了。或许老朱当初对诸臣立下共享太平愿景的时候也没料到最后成为帝系的不是太子，最后子孙能享太平富贵的开国功臣也只有寥寥而已。
