1.功能差别，微信小程序更加成熟
值得注意的是，微信小程序在新能力的开放上快马加鞭，到目前为止已开放众多服务功能。 任何产品的成功都是诸多客观原因共同努力的结果。不论从生态构建、产品体系搭建甚至是用户体验上，微信小程序都略胜一筹。
2.入口方面，微信小程序优于支付宝小程序
微信小程序的一级入口是优于支付宝的，从支付宝或微信APP进入小程序主入口的操作路径都需要两次操作，路径长度一致。但从流量角度分析，微信下方 的“发现”入口顶端就是“朋友圈”，微信用户在使用朋友圈时，很容易的注意到“小程序”入口，但使用支付宝支付时会优先点开“首页”而不是“朋友”。 其次，“朋友”界面使用最多的场景是转账，日常很难注意到页面顶端的“小程序”。同时，支付宝并没有像微信一样在搜索栏提供“最近使用过的小程序”快捷入口，在主界面上要经过搜索输入后才能跳转小程序。
3.产品定位不同
微信小程序主要打得是社交牌，社交经济生态体系，而支付宝是针对于电商，所以在后续的产品运营上会有很大的区别，支付宝并不会涉及社交，内容等领域。支付宝跟微信相比一个特色的模块就是信用市场，这也是支付宝本身的优点。
4.面向群体不同
支付宝小程序与微信小程序最大的区别就是支付宝小程序不支持个人申请，仅支持企业注册，而微信小程序大家都可以注册。
因为切换不同平台的小程序成本极低，用户可随APP平台特色选择对应的小程序，支付宝小程序利用“蚂蚁信用”在商业领域延伸出的服务类小程序做共享经济更有优势，微信小程序在社交、内容类的小程序更有优势。
