数千年来中原王朝并非一直都是汉人统治，也曾被少数民族曾统治过，比如鲜卑族也曾统治过中国北方数年，后来的元朝更是实现了大一统，统治中原将近几百年后，当初强大的王朝也不可避免地遭到了起义反抗，后期“水土不服”，蒙汉两族之间的矛盾始终存在，朝堂腐败堕落，全国各地的起义军队揭竿而起。
朱元璋带领的大批明军攻破元大都后，元顺帝带着自己的势力仓皇逃亡，不做抵抗，没有帝王尊严，一路逃回了蒙古地盘，对于一些人来说，这可能是“留得青山在，不怕没柴烧”的明智举措，毕竟他们的故土仍旧还在，蒙古高原仍然是他们的家乡，中原领土只是丢失，日后还有可能夺回来，只要他们的蒙古帝国还没有真正灭亡。
元惠宗脱欢帖睦尔逃回蒙古后，即使他的皇帝身份没有了，但蒙古大汗的身份还存在，他仍旧能够统治蒙古各部，但他早已失去了当年统治中原的威风，先祖打下的江山被人从他的手中夺走，这对他是一个沉重的打击，而且在中原生活多年，他对中原也有些许感情，甚至会怀念“故乡”。此时中原已经是新的明朝在统治，朱元璋还派出军队清剿蒙古在北方的一些势力。
如此元顺帝一直活在担忧之中，他对明军的追杀感到不安，1370年5月，他郁郁而终，原先在大都被立为太子的爱猷识里达腊继承王位，新皇野心勃勃，还想着在自己的带领下，他们能够重回巅峰，但事与愿违，强大的明军打得他们节节败退，三年后，徐达将军率军攻打哈拉和林，这是对重要的一道屏障，若是被攻破的话，那么蒙古帝国就真正的要消失了。
蒙古军队全力抵抗，但仍旧守不住，而明军也因为战线太长的原因而停在土拉河畔，无法再近一步，在这期间元昭宗仅在位八年便去世。新的皇帝脱古思继位后，留给他的蒙古帝国规模严重缩水，早已没有了当初的荣光，但残元政权仍旧还在苦苦坚持着。
1388年，朱元璋要彻底清剿残余势力，派出了10万大军去攻打，残元势力根本无法抵挡气势汹汹的明军，最终俘获了7万部众，脱古思逃跑后，竟是被部下勒死了，没有了大汗来管理蒙古各部，各部纷纷独立。即便这样残元政权还在苟延残喘，十一年后，最后一位大汗被杀死，经过三十年的顽强存活，残元政权彻底结束。
这对于大明朝是一件好事，此时的皇帝已经是朱棣了，对于杀死最后一位大汗的贵力赤，他没有责难，反而是承认了他在蒙古各部的宗主权，如此混乱的各部再次得到了基本的管理。可1400年，阿苏特部首领阿鲁台及卫拉特部首领马哈木打败了贵力赤，而且他们向大明朝表明，希望能够独立在蒙古之外，日后也不会争夺大汗之位，他们会直接效忠于朝廷。这样的做法得到了朝廷的认可，朝廷也成为了他们的靠山，很快他们就统治了整个西蒙古。
贵力赤的儿子额色库，子承父业，要争夺回父亲当年的地位和权力，成为大汗，于是部落之间再次起了纷争，持续了十多年，额色库病逝，期间额勒伯克的儿子本雅失里成为大汗，他就是来自黄金家族的后裔，这个家族有着强大的号召力，很快他就收复了蒙古各部，包括当时宣称要效忠明朝的阿鲁台等部。
明朝皇帝眼见被灭的残元势力再次死灰复燃，他立马率军亲征，打败了阿鲁台的军队，而本雅失里的大汗之位也被马哈木取代，这位新大汗做得更绝，他和朝廷断交，于是乎大军再次前来攻打，双方损失惨重，马哈木保留了实力，带着势力撤退到土拉河的北部。蒙古各部再次丢失领土，大汗失去了威望，此时科尔沁部在首领阿台的带领下横空出世，夺回了蒙古中东部。
阿台在阿鲁木的支持下成为大汗，科尔沁部是黄金家族的后裔，这让明朝皇帝更加不满，即使卫拉特部曾经背叛过，但仍然还是支持他们消灭黄金家族，日后扶持他们。于是阿台河阿鲁木被杀死，本雅失里的兄弟阿占成为大汗，黄金家族已经没有希望了，所以明朝没有继续对付蒙古。但他们没想到的是卫拉特人的野心，他们与拥有黄金家族血统的卫思汗联姻，这样一来他们就会有强大的号召力，日后便能够顺利收服蒙古各部。
1499年，额森想要与明廷达成联姻，但明朝悔婚，这让他大为生气，派出军队骚扰中原边境，但此时明军没有了当年的威风，数十万人被歼灭，就连皇帝都被俘获，“土木堡之变”是明朝由盛转衰的关键。但随后蒙古军队没有再取得关键胜利，于谦率军作战，保卫北京，而且明军的援军也赶来，双方兵力悬殊，最终额森选择臣服，放弃了宗主权，此消息一传出去，蒙古各部再次纷纷独立。
随后统治蒙古各部的大汗多次更替，不同的势力“你方唱罢我登场”，在这样的情况下，空有蒙古帝国的称号，却并无一个帝国该有的凝聚力和实力，而且发展起来的后金对他们虎视眈眈，内忧外患之下，蒙古落败，林丹汗亲自出征，仍然改变不了结局。其他蒙古各部顺应局势，臣服于后金，与之联姻，唯独林丹汗还在与后金做敌人，甚至报复蒙古归顺后金的科尔沁。
在皇太极率兵西征下，他还联合了蒙古势力，一同击败了林丹汗，将他的势力一度驱赶到黄河，眼见林丹汗的势力不成气候，大军也就不再追击了。林丹汗逃到了青海，只待了两年就郁郁而终。有强大生命力的蒙古帝国可以与明朝抗衡两百多年，但最终却在十年时间里被满清势力所征服，明朝也被其覆灭，不得不说当时的满清还是很厉害的。
