请教蛋白质相互作用or受体配体作用 Pymol 是一个结构显示和分析程序.它是用python编写的所以叫pymol,相应的还有Jmol 等。Pymol 的好处是做出来的图很炫。很多牛人用它做图发文章,蛋白质结构预测里面现在。如何用pymol做动画 需要准备的工作:找到合适的目标蛋白:具有两个不同的构像结构的蛋白,序列最好相同 Google下载morph_dist.inp这个文件 下载安装Yale University提供的Crystallography&NMR System这个软件[2],建议在linux系统里安装 下载安装pymol软件[3]Window movie maker 或者其他任何可以利用图片生成动画的软件具体操作:用pymol将两个蛋白align在一起保存(右边控制栏Aalignto molecule-),align之后保存文件(save molecule as)将morph_dist.inp这个文件保存到与两个蛋白pdb文件相同的路径下,用文本编辑器打开,将其中的initial pdb和final pdb改成自己的两个pdb文件名。即分别为初始状态和最终状态。例如,自己保存的两个蛋白为A.pdb和B.pdb,则改成:initial=\"A.pdb;final=\"B.pdb;3.在安装有CNS软件的linux机器上打开terminal,进入到文件保存的路径(cd 命令进入路径),输入cns,回车 4.输入@morph_dist.inp 命令,软件就会自己开始计算中间态pdb了,默认生成的是20个pdb。名字为frame*.pdb 5.运行结束后输入以下几行命令:mv frame0.pdb frame00.pdb mv frame1.pdb frame01.pdb mv frame2.pdb frame02.pdb mv frame3.pdb frame03.pdb mv frame4.pdb frame04.pdb mv 。推荐几个模拟构建蛋白质结构的软件? 你是说做出一个蛋白质结构模型呢 还是说看蛋白质的空间结构的软件的呢 都说了吧:由一条序列做出一个蛋白质结构模型最常用的方法是同源模建,软件有modeller(比较专业)swiss-pdb-viewer(本地提交在线预测结构的)看蛋白质空间结构图的软件有:pymol,rasmol,vmd 还有上面这个swiss-pdb-viewer 也可以看。
随机阅读
- 口袋妖怪金心打四大天王攻略 水箭龟62 金凤60 红水君40 巨达32 火鸟40变兽32我打道第三个就死了 水箭龟 龙之波动
- 王派电动车故障灯 王派电动车档位灯老是闪 车不会走怎么回事
- “安全第一、预防为主、综合治理”的含义 安全第一 预防为主 科学管理
- 江西赣县水东镇的园林基地和七里镇的园林基地在哪里? 水东七里镇
- 如何评价《汉阙》? 相映成趣可以用在爷孙玩
- C++程序设计 153水仙花数流程图
- 急!天下贰,巴蜀有个任务是打那个”溟殇“, 为什么云麓的水入梦对他无效? 云麓水入梦特效
- 花菡水之孕多少钱一套 [今日账单]5.16儿子想吃饺子必须给安排上
- 农村自来水没水表怎么收费 关于农村自来水使用收费问题,安装了水表,每个月如果老百姓不用
- 研发试验料处置规定 研发费用的范围包括哪些?
- 安装扭矩传感器的时候有哪些注意? 扭力传感器的调零方式
- 数字媒体技术出来干什么? 浙江广播电视大学招聘竞争大吗
- 中村静香裸光 动漫声优:值田佳奈都有那些作品?……
- 请问海南三亚凤凰机场有哪家银行的贵宾室? 海南省三亚市凤凰机场圆通
- 上海崇明城桥顺丰营业点在哪里 上海崇明顺丰快递庙镇
- 汽车起重机几节臂是怎么表示的 300吨吊车 这个300吨是怎么来的??
- 明珠皇冠花园是什么街道 深圳白石洲明珠花园的售价是多少?求告知
- 制度创新是人类社会发展进步的一个重要表现。阅读下列有关材料,结合所学知识,回答下... 《制度》在下列哪些方面进行重大变化与创新
- 小龙大肉面和路子铺 南京现在有什么网红面馆?
- 双流有几家五星级酒店?具体位置在什么地方? 双流区广都大道2号喜悦酒店