清代的南北贸易、京师漕粮仍以运河为主。随着经济的发展，人口的增多，大运河在清代的作用，就显得更加重要，同时，许多问题也都集中暴露出来。
运河年久失修，河道日见窄浅，有些地段竟成为了“死河”。严重影响了南北的运输。加上旱涝灾害及湖堤决口，造成河道不畅，以致漕运屡次受阻。多年来，朝廷不断拔出专款用于修理河道，采取“蓄清刷黄”、“束水攻沙”等措施确保漕运。地方官员也将治河作为一项重要任务，但也只能解决一时问题，难以根治漕运不畅顽疾，收效甚微。
乾隆皇帝在位时，江南水患就是他的一大心病。乾隆帝十分关注黄淮入海地区的治水问题，多次下旨与地方官员商榷治理方案。乾隆44年（1779年），萨载出任两江总督，在两江前后几十年，大部分时间精力都在治理河道上，他亲临戡察，力排众议，采取多种措施缓解黄、淮水患。萨载开陶庄引水，以防黄河倒流，开挖镇江钱家港至江宁龙潭的“新河”，并提出修浚金山对瓜洲城河，以及拓展涟河、骆马湖、六塘河等建议。在当时，对于江宁周边地区的水患治理有不少成效。乾隆帝知道后，十分高兴， “欣慰览之”，并亲赐诗萨载：“节度江南历多岁，练于吏治悉河工。唯应益慎勤诸事，勿以己知懈一躬。不患士文武莫弛，欲求民裕俭当崇。久而敬者晏平仲，洁矩为师尔我同。”晏平仲，即春秋时齐人晏婴，以节俭力行闻名。这首诗用以表彰萨载治水有功，并提倡君臣一致，为民富而勤俭。
道光十三年（1833年），任河道总督的麟庆任劳任怨地治理河道十余年，被时人称为河帅。麟庆撰有《河工器具图说》、《黄运河口古今图说》等书，图文并茂、形象生动地记叙治河经历，并将治河工具展现出来。但是，麟庆一味遵循前人之法治河，而无创新，黄河、淮河、运河的治理收效甚微。看来，麟庆是只有苦劳，而欠功劳的。
嘉庆年间，有个名叫栗毓美的县令，留心河务，常亲赴堤坝，仔细研究探寻根治河患方法，积累了丰富经验。道光十五年（1835年），栗毓美任河东河道总督，“河不为患”，政绩斐然。栗毓美死后，当地百姓立庙祭祀，奉为神明。
关于治河的书卷亦有不少。乾隆年间撰有《南河成案》，嘉庆道光年间编成的《南河成案续编》39卷，辑录了嘉庆二十四年（1819年）至道光十三年（1833年）间，官方治河题奏、上谕等860余件，其中还有历年来风外臣工题奏的河湖汛情水势、调拨银两、奏修堤坝、疏通河道、保举防汛人员、采办物料、估办各项工程银两明细及清帝谕旨等等内容。
漕运是国家经济的一件大事，多年延袭下来，形成了许多弊端。漕运之利上不归国家，下不属百姓，其间中饱私囊者大有人在，上至贪赃枉法的高官大吏，中有无数层层关卡巧取盘剥，下到多代世袭的船户割锯赢利，许多帮粮船舵设教立派，敛财滋事……。结果造成漕粮成本的不断提高，以致官民交困。几年前，有一个名为《天下粮仓》的电视连续剧，讲述的就是清朝大运河漕运中种种弊端危机的故事。
