随着应用益生菌来恢复肠道微生态的平衡越来越广泛。
从目前的医学证据来看，益生菌对于提高肠易激综合征的缓解率，提高肠易激综合征和炎症性肠病患者的生活质量，是优于安慰剂的。也就是说，益生菌对肠易激综合征和炎症性肠病有一定的辅助治疗的效果。
国内已经上市的几种多菌株的益生菌药物，说明书上的适应症，大都是适用于：中型急性腹泻、消化不良、腹胀以及肠道菌群失调引起的腹泻、消化不良等。
在实际的临床应用中，益生菌也常作为肠易激综合征和炎症性肠病的患者的辅助治疗。
1. 对于病情较轻的病人
对于肠易激综合征、炎症性肠病中病情较轻的病人来说，益生菌一般不会引起副作用，也不会发生吸收入血引发感染的情况，总体来讲是安全的。
退一步对于大部分人来讲，就算发生了一些腹泻等副作用，及时停止服用，便可以避免副作用的继续发展。
2. 对于病情严重的病人
但是在严重的炎症性肠病、肝硬化腹水的病人中，由于肠道的黏膜缺损，肠道的屏障功能的损伤，引发继发感染的几率会增加。有病例报道称，黏膜溃疡很严重的患者中应用益生菌，发生了「菌血症」（细菌入血引发全身感染）的不良反应。
总体来讲，服用益生菌药物治疗肠易激综合征、腹泻以及炎症性肠病等，是安全、有效的。
3. 对于正常健康人
益生菌的摄入方式有很多，很多发酵的食物，比如奶酪、酸奶甚至泡菜等里，都含有一定量的益生菌。
所以正常人想拿益生菌保健，食用含有活菌的食物，基本就可以了，没有必要去服用益生菌药物。
