kegg分析 是全部差异表达基因 还是上调基因
最低0.27元开通文库会员，查看完整内容>；原发布者：RNA建库方法RNA建库流程葛玮珍2014.4.11一、RNA-seq实验流2113程样品制备5261样品检测文库构建4102文库库检上机测序FromWeihuaZeng&AliMortazaviNatureimmunology1二、文库类型1653根据研究对象不同选择相应的建库方法：DGE文库真核普通转录组文库mRNA真核链特异性文库原核链特异性文库RNAlncRNA文库Non-codingRNASmallRNA文库mRNA/lncRNA建库流程真核mRNAoligodT磁珠富集mRNATotalRNA原核mRNA/lncRNARibo-zerokit去除rRNA打断、双链cDNA合成末端修复、加A加接头片段选择PCR扩增、纯化文库质量检测上机测序OligodT磁珠富集mRNARibo-zerokit去除rRNA4Ribo-zerokit去除rRNA产品厂家货号规格Ribo-ZeroMagneticKit（bacteria）EpicentreMRZB124246/24RxnsRibo-ZeroMagneticKit(PlantLeaf)Ribo-ZeroMagneticKit(PlantSeed/Root)Ribo-ZeroMagneticGoldKit(Epidemiology)Ribo-ZeroMagneticGoldKit(Human/Mouse/Rat)EpicentreEpicentreEpicentreMRZPL116MRZSR116MRZE7066/24Rxns6/24Rxns6/24RxnsEpicentreMRZG123246/24Rxns5Ribo-Zero？KitSelectionGuidehttp：/。
cDNA文库的mRNA 动物细胞mRNA的制备 植物细胞mRNA的制备 1、mRNA在无细胞翻译体系指导合成高分子量蛋白质的能力。无细胞翻译系统(Cell-free translation system)，又叫体外转录-翻译的偶联。
DNA与蛋白质相互作用的研究方法有哪些 研究蛋白质与DNA相互作用的主要方法一、引言在许多的细胞生命活动中，例如DNA复制、mRNA转录与修饰以及病毒的感染等都涉及到DNA与蛋白质之间的相互作用的问题。重组DNA技术的发展，人们已分离到了许多重要的基因。现在的关键问题是需要揭示环境因子及发育信号究竟是如何控制基因的转录活性。为此需要：a、鉴定分析参与基因表达调控的DNA元件；b、分离并鉴定这些顺式元件特异性结合的蛋白质因子；这些问题的研究都涉及到DNA与蛋白质之间的相互作用。研究DNA-蛋白质相互作用的实验方法主要包括：a、凝胶阻滞实验；b、DNase 1 足迹实验；c、甲基化干扰实验；d、体内足迹实验；f、拉下实验。二、凝胶阻滞实验1、概念：凝胶阻滞实验（Gel retardation assay），要叫做DNA迁移率变动试验（DNA mobility shift assay）或条带阻滞实验（Band retardation assay）是在八十年代初期出现的用于在体外研究DNA与蛋白质相互作用的一种特殊的凝胶电泳技术。2、原理：在凝胶电泳中，由于电场的作用，裸露的DNA分子向正电极移动距离的大小是同其分子量的对数成反比。如果某种DNA分子结合上一种特殊的蛋白质，那么由于分子量的加大它在凝胶中的迁移作用便会受到阻滞，于是朝正极。
大肠杆菌作为基因工程受体菌具有哪些特点 优点：1、遗传2113背景清楚。目标基因表达5261水平高，表4102达系统成熟完善。2、易于培养（培养方法简1653单、生长快、培养周期短、抗污染能力强）、成本低，被美国FDA批准为安全的基因工程受体生物。缺点：1、表达产物缺少饭以后的修饰（如糖基化、烷基化、磷酸化、特异性的蛋白水解加工等）；同时高表达时易折叠错误导致表达产物没有活性，而且大肠杆菌本身含有内毒素和有毒蛋白，可能混在产物里，应用受限。2、真核生物的启动子不能被原核细胞（大肠杆菌）的RNA聚合酶识别。3、真核生物的mRNA上没有SD序列，因此不能被原核细胞核糖体结合。4、真核生物的基因含有内含子，原核细胞缺乏见他们的转录物进行拼接加工的机制。5、真核细胞的基因产物，往往需要翻译后加工，真核细胞缺乏翻译后加工有关的酶。6、真核生物基因表达的蛋白质易被原核细胞蛋白酶所降解。扩展资料：基因工程菌应具备以下条件：1、发酵产品具有高浓度、高转化率和高产率；2、菌株能利用常用的碳源，并可进行连续发酵；3、菌株不是致病株，也不产内毒素；4、代谢控制容易进行；5、能进行适当的DNA重组，并且稳定。参考资料来源：-大肠杆菌参考资料来源：-基因工程参考。
转录组测序得数据怎么判断kegg富集显著性提取样品总RNA后，用带有Oligo（dT）的磁珠富集真核生物mRNA（若为原核生物，则用试剂盒去除rRNA后进入下一步）。加入fragmentation buffer将mRNA打断成短片段，以mRNA为模板，用六碱基随机引物（random hexamers）合成第一条cDNA链，然后加入缓冲液、dNTPs、RNase H和DNA polymerase I合成第二条cDNA链，在经过QiaQuick PCR试剂盒纯化并加EB缓冲液洗脱之后做末端修复、加A并连接测序接头，然后用琼脂糖凝胶电泳进行片段大小选择，最后进行PCR扩增，建好的测序文库用Illumina HiSeq？2000进行测序。
RNA的提取方法 1、酚抽提法：先2113用蛋酶K、SDS破碎5261细胞，消化蛋白，然后用酚和酚-氯萃取，高4102速离心后取1653上清，所得DNA大小为100-150kb2、甲酰胺解聚法：破碎细胞同上，然后用高浓度甲酰胺解聚蛋白质与DNA的结合，再透析获得DNA可得DNA200kb左右。3、玻璃棒缠绕法：用盐酸胍裂解细胞，将裂解物铺于乙醇上，然后用带钩或U型玻璃棒在界面轻搅，DNA沉淀液绕于玻棒。生成DNA约80kb。4、异丙醇沉淀法：基本同1法，仅用二倍容积异丙醇替代乙醇，可去除小分子RNA（在异丙醇中可溶状态）5、表面活性剂快速制备法：用Triton X-100A或NP40表面活性剂破碎细胞，然后用蛋白酶K或酚去除蛋白，乙醇沉淀或透析。6、加热法快速制备：加热96℃-100℃，五分钟，然后离心后取上清，可用于PCR反应。7、碱变性快速制备：先用NaOH作用20分钟，再加HCI中和，离心后取上清，含少量DNA。扩展资料：DNA提取原则：1、保证核酸一级结构的完整性；2、核酸样品中不应存在对酶有抑制作用的有机溶剂和过高浓度的金属离子；3、其他生物大分子如蛋白质、多糖和脂类分子的污染应降低到最低程度；4、其他核酸分子，如RNA，也应尽量去除。参考资料来源：—DNA提取
DNA与蛋白质相互作用的研究方法有哪些研究DNA-蛋白质相互作用的实验方法主要包括：a、凝胶阻滞实验；b、DNase 1 足迹实验；c、甲基化干扰实验；d、体内足迹实验；f、拉下实验。研究蛋白质/核酸相互作用近期采用的新技术有：核酸适体技术、生物信息学方法、蛋白质芯片技术以及纳米技术等。（1）利用有色荧光蛋白标记技术进行蛋白定位研究此法也可称为活细胞定位.把两种具有相互作用的蛋白分别克隆到带有两种不同颜色荧光蛋白（绿色荧光蛋白或红色荧光蛋白）的载体中，共转染到功能细胞中（一般选用 COS7 细胞）表达带有荧光的融合蛋白.这样，相互作用的两种蛋白就被标上不同的荧光，可以在细胞内用荧光显微镜直接观测.在进行精确细胞定位或共定位时，必须用共聚焦荧光显微镜观测.因为共聚焦荧光显微镜（相当于医院给病人诊断的 CT）观测的是细胞内一个切面上的颜色.如果在一个切面上在同一区域看到两种颜色，就提示这两种蛋白在该区域内有相互作用.普通荧光显微镜看到的是一个立体图象，无法确定蛋白质共定位现象.在进行定位或共定位同时，也可以对细胞核进行染色.这样，在细胞中就有三种颜色.细胞核的显色帮助你确定共定位发生的位置.上面介绍的活细胞定位，其优点是表达的。
RNA-seq的实验流程 样品提取总RNA后，对于真核生物，用带有Oligo(dT)的磁珠富集mRNA，对于原核生物，用试剂盒去除rRNA，向得到的mRNA中加入Fragmentation Buffer使其片断成为短片段，再以片断后的mRNA为模板，用六碱基随机引物(random hexamers)合成cDNA第一链，并加入缓冲液、dNTPs、RNase H 和DNA polymerase I 合成cDNA第二链，经过QiaQuick PCR试剂盒纯化并加 EB缓冲液洗脱经末端修复、加碱基A，加测序接头，再经琼脂糖凝胶电泳回收目的大小片段，并进行PCR扩增，从而完成整个文库制备工作，构建好的文库用Illumina HiSeq2000进行测序。
基因文库构建的过程、原理及方法 基因文库构建的过程、原理及方法是什么，恳请大家指教！谢谢~1cDNA文库的构建 1.1cDNA文库构建的基本原理与方法 cDNA文库是指某生物某发育。
