有人说袁崇焕的“尚方宝剑”是崇祯所赐，而毛文龙的为天启所赐，当朝的宝剑肯定比前朝的更有效力，对此我并不十分赞同，崇祯的皇权是天启的延续，并没有仅是换代并没有改朝，所以毛文龙的尚方宝剑效力并不差。而且所谓的“尚方宝剑”大多数情况下只是一种荣誉的象征，带有一定的威慑作用，说明得到皇帝的信任。
再看两人的官职，毛文龙虽然地盘不大，但是作用不小，皮岛总兵官居一品，袁崇焕虽然是二品，但是别忘了袁崇焕却是个文官，而且又是当时最流行的“文官武将”。所以从官职上看，袁崇焕斩杀毛文龙并没有什么问题。但是无论官职还是“尚方宝剑”都不是袁崇焕能杀毛文龙的真正原因。
其实到明朝晚期的时候，尚方宝剑都已经泛滥成灾了，尤其是万历和天启和崇祯这三朝，在万历三大征的时候，开始兴起，据统计万历年间共下发了大约六把尚方宝剑，其中有名的是杨镐（萨尔许之战的指战员），熊廷弼等。
袁崇焕和毛文龙均为明末风云人物，四声四起，崇祯二年（1629年）六月，袁崇焕在罗列出十二项罪名后，用尚方宝剑处死了毛文龙。当时，袁崇焕为兵部尚书兼右副都御史，官衔二品；毛文龙为左都督平辽总兵官，官衔一品。
当时的毛文龙，品级为左都督，职位是“平辽总兵官”。他的职权有多大？以《大明律》规定，总兵官的军事工作，就连可以随便开骂的御史言官们，都是“皆无得干预”。就算总兵官有罪，那也要“具奏请旨，不许擅自辱慢”——再大的错，也要按照司法程序走，想杀就杀？严重违法。
而此时的袁崇焕呢？他是“督师蓟辽兼督登莱天津军务”，号称明朝开国以来“最大地方官”。但毛文龙驻守的东江镇，却并非在袁崇焕的管辖体系内。也就是说，毛文龙并非袁崇焕的直接下属。
还有一个就是，很多人都是多次获得尚方宝剑，很可能尚方宝剑就是为了完成某种政治目的，而临时性的东西，并不是说对谁都可以先斩后奏，而是大多时候都是总兵以上职务可以先斩后奏。袁崇焕杀毛文龙从尚方宝剑的目的上是可以杀的，因为袁崇焕是去统筹辽东全局性的人物，在袁崇焕看来，不杀毛文龙自己在辽东说不了算啊，因此就杀了，但是袁崇焕杀毛文龙是“累加至左都督，挂将军印，赐尚方剑”的毛文龙。
首先，“矫诏”，袁崇焕绑了毛文龙，宣布他的“十二斩罪”。然后，把尚方宝剑当成崇祯给他的旨意："我今天杀毛文龙是为了整顿军纪。将领中间有和毛文龙一样的，都要杀了他们。我不能成功的话，请皇上也像杀毛文龙一样杀了我。这个“尚方宝剑”代表的旨意是什么？袁崇焕给的暗示就是“崇祯要他杀毛文龙”。毛文龙自己理解尚方宝剑代表的意思，也是“崇祯让袁崇焕来杀他”！皇帝既然都赐给袁崇焕尚方宝剑来杀他了，他也就无话可说了。
这里袁崇焕偷换了概念，让毛文龙认为袁崇焕列举的十二大罪状是已经被皇帝认可过的，让毛文龙认为这道圣旨就是针对他毛文龙发的，所以，毛文龙就没有反抗。其实，袁崇焕拿的圣旨，只是皇帝赐尚方宝剑时给的旨意罢了，“一切布置遵照敕谕行事，阑外原不中制”，并不是针对毛文龙一个人的。这就是说袁崇焕“矫诏”杀毛文龙的原因，崇祯根本就不知道袁崇焕竟然要杀毛文龙。
