当PCR引物和非目标基因有同源性时，将产生非特异性的PCR产物，如何减少这种产物 1，重新设计引物，你可以向前或者向后推移几个碱基，注意了最后一个碱基最好以G和C结尾。2，提高退火温度。
如何提高扩增效率和PCR的特异性 引物引物设计：引物长度适当，18-24mers，并保证序列独特性，以降低序列在非目的片段中存在的可能性，但长度大于24核苷的引物并不意味着有更高的特异性，较长的序列可能会与错误配对序列杂交，反而降低特异性，而且长序列比短序列杂交慢，影响产量；引物浓度：引物的浓度会影响特异性。最佳的引物浓度一般在0.1到0.5μM。较高的引物浓度会导致非特异性产物扩增。生物秀实验频道Mg2+较高的Mg2+浓度可以增加产量，但也会降低特异性。为了确定最佳浓度，从1mM到3mM，以0.5mM递增，进行最适Mg2+浓度测定退火温度Tm对于设定PCR退火温度是必需的。退火温度一般设定为比引物的Tm低5℃的温度。合理的退火温度为55-70℃。在理想状态下，退火温度应足够低，以保证引物同目的序列有效退火，同时还要足够高，以减少非特异性结合-生物秀实验频道www.bbioo.com巢式PCR使用巢式引物进行连续多轮扩增，由于同两套引物都互补的靶序列很少，巢式PCR的使用降低了扩增多个靶位点的可能性，从而提高PCR反应的特异性和灵敏度递减PCR通过在PCR的前几个循环使用严谨的退火条件提高特异性。循环设在比估算的Tm高大约5℃的退火温度下开始，然后每个循环降低1℃到2℃，直到退火温度低于。
用PCR扩增目的基因，要想得到特异性产物需注意哪些事项 PCR扩增特异性取决于复性过程中引物与模板的结合。复性温度越高，产物特异性越高。复性温度越低，产物特异性越低。延伸时间过长可出现非特异扩增。循环次数越多，非特异扩增增加。MgCl2浓度：可显著影响PCR的产量及产物特异性。过高：增加非特异扩增并影响产率。由于PCR灵敏度非常高，所以应当采取措施以防反应混合物受痕量DNA的污染。1.所有与PCR有关的试剂，只作PCR实验用，而不挪作它用。2.操作中所用的PCR管、离心管、吸管头等都只能一次性使用。3.每加一种反应物，应换新的枪头。
