抗击倭寇威震东南沿海戚继光被调往北方重镇蓟州后，依旧雄心勃勃，想要在北方重新训练出一支钢铁之师。但是训练军队需要大量的人手，和精干可靠的基层将领，戚继光很自然就想到了昔日一同杀倭寇的部将了。
戚家军南郡北调的计划递交上去之后，很快得到了内阁和兵部的一致赞同。但是戚继光意料不到的是，在这一批戚家军北上途中，领队的几名重要将领却遭到了御史杜化中的弹劾。
他们都是戚继光麾下名将，在抗倭战场上战功赫赫，可谓是戚继光的亲密战友和得力助手，所以才会特意调他们到蓟州来帮自己。得知几人被弹劾之后，戚继光心急如焚，怎么才能搭救他们呢？
爱兵如子的戚继光迅速赶到京城，一面向兵部提议，为了稳定军心不生变乱，暂时将几位将领免职充当普通事官，等到了蓟州之后再做处置审查，一面去找朝中能说得上话的大臣想办法。
这时候是谁向戚继光伸出了援手呢？戚继光首先想到的当然是他的老领导张居正了。作为一名纯粹的军人，戚继光只是想要救自己的部将。张居正一时不察，也中了计。其实对方这是醉翁之意不在酒，他们弹劾几位将领的目的是为了牵出戚继光，继而最终将张居正拉下马。
张居正与戚继光的一连串营救动作并没有完全奏效，那几位将领最终没有如愿前往蓟州任职，而是几经周折之后在兵部侍郎谷中虚、福建巡抚何宽的帮助下，调往浙江重用。
杜化中进而翻旧账：戚继光麾下几位将领，三年前就因克扣军饷、贪赃枉法先后被御史弹劾，而福建巡抚何宽与兵部侍郎谷中虚收受了贿赂才对他们从轻发落。而他们为了脱罪，又派人携带重金贿赂总兵官戚继光，戚继光受贿后为他们奔走呼告！
此后给事中涂梦贵也跟风弹劾兵部侍郎谷中虚贪腐奸险，为官不称职。
而他们所弹劾的几位将领也确实私德有亏，被人抓住了把柄。而戚继光惜才，满心期待这几位部将能够跟随自己在蓟州继续立功，所以才向张居正和兵部求情，给他们戴罪立功的机会。没想到却落入了高拱一党的圈套，被说成是肮脏的钱权交易，不但自己的英名受损，还连累了谷中虚以及何宽两位。
愤怒的戚继光上《陈情书》为自己和部将申辩，言辞恳切，充满悲凉。但并没有能够令高拱心生怜悯之情。身为吏部尚书的他一心想要借助这次“边防三将案”整肃官场的贪赃枉法和官官相护，同时又打击戚继光和自己的政敌张居正。
势单力孤的张居正一系无法与高拱一党抗衡，权衡之下只能亲自去找到高拱，将一切的罪责揽到自己身上，以求能够让其他人脱罪。但他的低头，只是让高拱更加的坚决。
最终这起“边防三将案”以兵部侍郎谷中虚与戚继光的三位部将被罢免，福建巡抚何宽回籍听候发落收场。此案牵连到的官员几乎全都遭到了革职处分，只有戚继光因功高只是被通报批评。
