如何进行基因差异分析，一般我们通过测序或者芯片实验之后，都会获得一系列的基因表达数据。很多情况下，这些数据需要我们进一步处理从而获得我们想要的差异基因。。
如何计算三个生物学重复 degseq 差异基因表达量 倍数关系 如何来设定转录组测序中的生物学重复1.区分生物学重复与技术重复生物学重复：指样本重复，比如3只小鼠，同时做一种处理，就是三个生物学重复。技术重复：一般是三次实验，比如对一块组织，提了三次RNA，做三次realtime。2.设置生物学重复的意义由于新一代测序技术的优越性以及高成本，曾一度忽略了“生物学重复”的重要性。但生物学重复对于测序实验的设计以及实验数据的解读和分析都非常重要。设置生物学重复：能够消除组内误差：生物学重复可以测量变异程度增强结果的可靠性：测序的样本数越多，越能够降低背景差异检测离群样本：异常样本的存在，会严重影响测序结果的准确性，通过计算样本间的相关性可以发现异常样本，将其排除。案例一：注：COX4NB和RASGRP1基因在生物学重复样本中表达值的散点图：左边红色，COX4NB基因表达值的散点图右边蓝色，RASGRP1基因达值的散点图上面一行，测序数据的散点图下面一行：芯片数据的散点图COX4NB在生物学重复样本中表达差异非常小；但在同样情况下，RASGRP1的生物学差异很大。结果意味着：不同实验组间COX4NB的表达水平的变化存在研究意义；而同样情况下RASGRP1的检测数据可能不能说明问题。由此可知，设计的实验如果没有。
为什么不同基因测序公司提供的分析结果大相径庭？ 最后找到去年国内人做的一篇，是基于中国人的：http：//www. hindawi.com/journals/ji r/2013/891306/，根据他们的计算，也肯定了 rs6457617 作为 Marker 对类风湿性关节炎的。
