行政协议是否可以约定仲裁条款依据我国相关法律的规定，行政协议不可以约定仲裁条款，行政协议约定仲裁条款的，人民法院应当确认该条款无效，但法律、行政法规或者我国缔结。
主合同与担保合同选择的仲裁机构不一样，怎么办？ 这样的话主合同里选择的仲裁机构只能仲裁主合同的相关事项，担保合同中约定的仲裁机构只能仲裁担保合同相关的仲裁事项。由于仲裁机构的仲裁事项是由当事人约定的，所以两个合同的仲裁是分离的。不过这样的话会比较麻烦，尤其是当仲裁超出约定事项的时候，法院对于超裁部分是不予执行的。
主合同协议仲裁管辖的其效力能否及于从合同中的保证人 债权人单独对担保人提起诉讼时，不受主合同约定的仲裁条款约束—因为债权人与保证人并无明确的仲裁协议。《仲裁法》第四条规定，当事人采用仲裁方式解决纠纷，应当双方自愿，达成仲裁协议。没有仲裁协议，一方申请仲裁的，仲裁委员会不予受理。该法第五条规定，当事人达成仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外。当事人双方是否达成仲裁协议是确定纠纷究竟是以诉讼方式还是仲裁方式解决的唯一依据。参考最高院的案例：惠州纬通房产有限公司与惠州市人民政府履约担保纠纷案http：//china.findlaw.cn/hetongfa/hetongfa/htfcs/cht/38369.html
