1644年4月25日，崇祯帝让太监小毛子带着太子、永王、定王逃到勋贵家里避难，随后又命妃嫔们自杀，自己则亲手砍死两个女儿，然后带着一群太监准备冲出皇城，但是守门的将士不给崇祯帝开门，无奈的崇祯帝带着贴身太监王承恩跑到煤山上上吊自杀，大明自此名义上灭亡，清军入主中原。
在南京监国的朱由崧即皇帝位，史称南明，后清军南下，朱由崧被俘虏押往北京，1646年被处死，唐王在郑芝龙等人的拥立下，在福州称帝，最后也没有逃出死亡的命运。1661年，清军攻入云南，永历帝逃到缅甸，后来，吴三桂率军攻入缅甸，缅甸王将其献给吴三桂，1662年6月1日，吴三桂将永历帝等二十余人在篦子坡勒死，明朝皇统彻底灭亡，皇统灭亡了并不代表朱元璋的后人没有了。
永历帝等人
朱元璋建国之后，封了很多王，他让自己的子孙到全国各地去开枝散叶，这些王爷被严格限制在自己的封地里，不能随便走动，尤其靖难之役之后，这些王爷非常无聊，只好在家里造人，反正又不用担心没有吃的，就这样，朱元璋的后人越来越多，明末的时候朱元璋后代达到了一个可怕的数量，光登记在册的都有二十多万，一些专家估计明末朱元璋的后人可能有近百万，这上百万的人口全靠国家养育，他们基本就是吃白饭了，他们整天过着纸醉金迷的生活，但是老百姓就惨了，尤其是山西、陕西、河南等地的百姓。
百姓走投无路之后只好起来反抗，他们非常痛恨这些吃白饭的王爷，农民军每到一地必屠杀这些王爷，李自成攻入大同之后，将朱家宗室屠戮殆尽，仅在山西这一带地方，李自成就杀了上万朱元璋后人，张献忠等起义军杀明朝皇室也毫不手软，他们早就想扒这些王爷的皮、抽他们的筋、喝他们的血，明朝皇帝不管是被俘虏的，还是投降的，起义军都杀。
李自成
清军对待明朝皇室非常矛盾，他们进入北京之后有入主中原的野心，明朝皇室是他们杀戮的对象，但是他们是异族，很多汉人都不服他们，所以他们入关打的口号是崇祯帝报仇，为明朝报仇，他们如果光明正大的屠杀明朝皇室就会使自己的谎言不攻自破。
崇祯帝的皇太子朱慈烺的身份最尊贵，他先是被李自成捉住，后来又落在了多尔衮的手里，朱慈烺无疑成了多尔衮手里的烫手山芋，无论是杀是留都很麻烦，杀，不利于自己笼络人心，留，南方明朝的势力还很大，最后多尔衮想到了一条毒计，他告诉大家这是假，光自己一个人说肯定不能服众，他于是让皇太子的外公和舅舅来指出他是假太子，就这样朱慈烺被送上了断头台。
清军
清朝入主中原之后，民间很多人打出反清复明的旗号，而且很多势力还打着明朝皇室后人的旗号，这让顺治、康熙都很头疼，自己说自己是为明朝报仇，皇统是继承的明朝的，但是明朝皇室后人却纷纷出来反对，雍正帝即位后准备着手处理这件事。
他决定找出一个朱元璋后人，以官方名义承认一个听话的明朝皇室后人，经过考证，雍正帝在汉军镶白旗中找到了一个朱元璋后人，名叫朱之琏，这个人祖上和洪承畴一同投降于皇太极，所以在明末时期，他们这支血脉没有被屠杀，而且他还在朝中为官，当了一个知府，雍正帝召朱之琏进宫，将他们全族抬入上三旗的正白旗中，封朱之琏为一等侯，世代继承，他们只需要每年的春秋时节去明十三陵扫墓就行了，吃穿住行都由清廷提供。
朱煜勋
1912年清朝灭亡，民国政府每年给溥仪等人400万银元，朱之琏的后人朱煜勋按照《清室优待条例》，可以在财政部领薪水，后来薪水被断了，朱煜勋过上了穷困潦倒的生活，1929年他求于民国政府，内务部让他管理明陵，每个月50大洋，1933年这个工作被取消了，朱煜勋彻底没有了工作。
据说，后来朱煜勋为了生活居然盗挖明陵，朱元璋如果泉下有知，定会被气出血。
