已知一个基因在一个信号通路中，怎么确定该基因的位置 代谢通路：目前在通路数据库(PATHWAY database)中代谢通路是建立得最好的，有大约90个参考代谢途径的图形。每个参考代谢途径是一个由酶或EC号组成的网络。利用如下方法可。
已知mirna和基因，怎么查到它们的调控通路 从基因表达水平来说，说成信号通路准不准确？据我理解，调节通路应该就是对基因表达有调节作用的那些信号转导通路，而所谓“信号通路”是泛指。关于“信号通路”这个词的适用范围，我认为从细胞外配体一直到细胞核内的转录因子，这中间的信号转导过程应该都可以是信号通路的一部分，而基因表达以后的过程应该就不算了。我读的文献不多。不知道我的理解错在哪里：调节通路应泛指所有的通路，包括脂类-蛋白、蛋白-蛋白、蛋白-DNA、RNA-RNA等任意互作构成的通路。信号通路一般情况下也可以指调节通路，但更强调响应某一个信息源（含胞内和胞外，如指定某个因子或刺激源）而执行一定功能的通路，而信号转导通路（signal transduction pathway）则指响应胞外信息源的通路，包括入胞启动转录、至转录基因执行功能。
如何对一组基因做信号通路分析 般的转录组测序可以2113得到大量差5261异表达基因和调控4102代谢通路，但由于基因与表型难以直接关1653联，导致关键信号通路难以确定，因此往往达不到预期研究目的。相信很多做过转录组测序的老师都深有体会。总感觉中间缺少了一步？没错，就是代谢物！代谢物是基因型与表型之间的桥梁，代谢物的变化更能直接揭示基因的功能，因此能够更有效地揭示生物学及其生化、分子机理。在植物研究中，目前代谢组+转录组的策略已经被广泛运用于植物生理、生长发育、及逆境胁迫研究中。那么如何进行代谢组与转录组的关联分析？总的来说，是基于“参与同一生物过程中的基因或代谢物具有相同或相似的变化规律”这一原理进行分析的。举个例子，研究不同颜色品种的菊花颜色差异的原因，首先通过代谢物检测，发现不同颜色品种的菊花积累的花青素类型和含量并不一致；然后进行转录组测序，在众多差异基因及代谢通路中，我们可以重点研究与花青素合成相关的代谢通路上的基因，从而一方面快狠准地找到导致颜色差异的功能基因，另一方面代谢组的结果也相当于是对转录组结果的验证。
