转录组差异分析的富集系数 如何研究lncrna与mrna的关系

在分析不同条件下细胞内基因表达差异和分析基因表达的不同可变剪接上 不同类型细胞基因表达及可变剪接的研究肝脏是人体中最大的实质性器官，主要负责着体内脂类、糖类、蛋白质、和维生素等众多物质的代谢，是人体中的代谢工厂。此外，肝脏在体内还发挥着解毒、免疫、存储糖原和维生素、合成胆汁以及造血等功能，被称之为体内最繁忙的器官。肝脏的复杂功能的发挥依赖于组成肝脏的各种类型的细胞，肝脏细胞主要分成两类：肝实质细胞（HC）和非实质细胞（NPC）。前者是肝脏中最主要的细胞类型，占据肝脏体积约80%，发挥着肝脏中的绝大部分功能。非实质细胞主要包括肝窦内皮细胞（LSEC）、枯否细胞（KC）、肝星状细胞（HSC）以及其他一些免疫细胞等。目前，对肝脏细胞的研究往往集中于某一种类型的细胞。本研究同时构建了多种类型细胞的基因表达谱，通过肝脏细胞水平表达谱的全面解析，系统地发现肝脏细胞中表达的新基因或新亚型，深入地了解肝脏不同类型细胞的共性与特性，全新地认识细胞在肝脏器官中的分工与协作。转录组和蛋白质组作为基因组后继补充研究对象，分别担当传递遗传信息和功能最终执行的角色。而蛋白质组鉴定覆盖度的范围往往是参照编码基因的数目，因此可寻求转录组水平的mRNA鉴定辅助蛋白质组的深度覆盖。除了覆盖度的。如何从转录组数据找到生物某一性状的生物学意义，或者说从中分析出一些优选基因？ 谢邀，尝试来回答一下，不准确的地方还请见谅。首先，题主所说的转录组数据，不知道具体是什么数据，因为转录组数据很多。其次，题主所说的找到某一性状的生物学意义，是指找出生物某一性状的相关基因吗？一般来讲，想获得某一生物性状的相关基因，常常是同一物种，不同性状。第一步：肯定是测序了，如果是RNA，则涉及到RNA的提取，以及使用测序仪测序。第二步：对测试产生的原始数据，进行质量过滤，去掉低质量的碱基。并将高质量的原始数据（Reads）比对到该物种已有的参考基因组中，并进行转录注释和表达量的计算。第三步：筛选差异表达基因，通过软件获得各个样本中基因Reads的数目，并使用软件对数据进行统计分析，计算基因的表达量差异。第四步：差异表达基因的功能注释与富集分析，在GO和KEGG数据库比对筛选获得的差异表达基因，并通过数据库中获得的注释结果，进一步分析基因产物的功能和在细胞中的代谢途径。转录组测序流程步骤是哪些？ 以真核转录组测序为例，实验流程为总RNA提取-mRNA分离-建库试剂-定量-文库回收-桥式扩增-上机测序；项目分析流程为数据产出数据=数据去杂-转录组拼接百-SSR分析度及SNP分析-基因功能注释-基因表达差异分析-差异基因表达模式聚类-差异基因富集分析。转录组（transcriptome）广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括信使RNA、核糖体知RNA、转运RNA及非编码RNA；狭义上指所有mRNA的集合。蛋白质是行使细胞功能的主要承担者，蛋白质组是细胞功能和状态的最直接描述，转录组成为研究基因表达的主要手道段，转录组是连接基因组遗传信息与生物功能的蛋白质组的必然纽带，转录水平的调控是目前研究最多的，也是生物体最重要的调控方式。转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，主要包括 mRNA和非编码回RNA。转录组研究是基因功能及结构研究的基础和出发点，通过新一代高通量测序，能够全面快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息，已广泛应用于基础研究、临床诊断和答药物研发等领域。基因文库构建的过程、原理及方法 1 cDNA 文库的构建1.1 cDNA 文库构建的基本原理与方法cDNA 文库是指某生物某发育时期所转录的全部 mRNA 经反转录形成的 cDNA 片段与某种载体连接而形成的克隆的集合。经典 cDNA 文库构建的基本原理是用 Oligo(dT)作逆转录引物，或者用随机引物，给所合成的 cDNA 加上适当的连接接头，连接到适当的载体中获得文库。其基本步骤包括：RNA 的提取(例如异硫氰酸胍法，盐酸胍—有机溶剂法，热酚法等等，提取方法的选择主要根据不同的样品而定)，要构建一个高质量的 cDNA 文库，获得高质量的 mRNA 是至关重要的，所以处理 mRNA 样品时必须仔细小心。由于 RNA 酶存在所有的生物中，并且能抵抗诸如煮沸这样的物理环境，因此建立一个无 RNA 酶的环境对于制备优质 RNA 很重要。在获得高质量的 mRNA 后，用反转录酶 Oligo(dT)引导下合成 cDNA 第1链，cDNA 第2链的合成(用 RNA 酶 H 和大肠杆菌 DNA 聚合酶 I，同时包括使用 T4 噬菌体多核苷酸酶和大肠杆菌 DNA 连接酶进行的修复反应)，合成接头的加入、将双链 DNA 克隆到载体中去、分析 cDNA 插入片断，扩增 cDNA 文库、对建立的 cDNA 文库进行鉴定。这里强调的是对载体的选择，常规用的是 λ 噬菌体，这是因为 λ DNA 两端具有。三代测序（全长转录组测序），全长转录组研究是理解生物机体功能的一个重要途径。传统二代转录组测序无法直接获得单个RNA分子由5ˊ到3ˊ的全部序列。基于PacBio三代测序平台。如何进行转录组数据分析？ 首先您做的事芯片呢？还是转录组测序呢？芯片我不是太了解，可能是封闭系统，目前看对于发现新转录本不是很有利。若是做转录组测序，首先去除污染序列，然后片段重叠。然后将将每一个read定位到基因组，取得GO值，功能注释，转录水平评估，功能富集及pathway分析，若对新发现的转录本感兴趣还可以做转录本的功能预测及细胞定位。希望有高手来评价-说的不对的尽管指出。OVER.转录组分析的思路 最低0.27元开通文库会员，查看完整内容>；原发布者：小宝文库1990转录组文章思路和常用软件郝昆问题预期目标转录组符合、不符、相关解释目标（真菌与植物互作）植物免疫应答植物抗性（次生代谢物质）黄酮类物质、抗病蛋白、损伤修复、抗逆物质等植物对营养利用（激素、氮源等）硝酸盐、亚硝酸盐代谢相关通路及基因。IAA等促植物生长途径。茉莉酸和水杨酸途径，信号转导，植物-菌互作免疫反应信号通路文献数据实验验证（生物学、分子生物学实验）数据拼接和注释总况差异基因GO分类KEGG通路单独基因分析系统发育树BLAST个性化分析常规分析拼接和注释总况：目的：为了说明转录组测序质量可靠，拼接后预测的Unigene数量充足，并简单描述这些基因的GO/KOG/KEGG分类等测序总量，质量，预测基因总数，N50，注释基因总数等。描述性语言加表格总的GO分类、KEGG和KOG分类。描述性语言，不用放图，最多放一个。差异表达分析：目的：为了说明转录组测序结果中各样本间存在差异，且差异为目的基因或目标大类。样本之间的相关性和FPKM分布，描述性语言火山图可以放图加描述表明样本间差异以及上下调基因数量。维恩图可以放图加描述表明两两样本间差异的共同部分和特有部e69da5e6ba907a。转录组测序的大致流程？我们要测某个菌在进行某一个反应期间的转录组，刚刚接触不太明白，希望大神解决一 以真核转录组测序为例，实验流程为总RNA提取-mRNA分离-建库试剂-定量-文库回收-桥式扩增-上机测序；项目分析流程为数据产出数据=数据去杂-转录组拼接-SSR分析及SNP分析-基因功能注释-基因表达差异分析-差异基因表达模式聚类-差异基因富集分析。

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