geo2r得到的差异基因怎么筛选 基因芯片2113(genechip)（又称DNA芯片、生物芯片）的原型是526180年代中期提出的。基因4102芯片的测序原理是杂交1653测序方法，即通过与一组已知序列的核酸探针杂交进行核酸序列测定的方法，在一块基片表面固定了序列已知的靶核苷酸的探针。当溶液中带有荧光标记的核酸序列TATGCAATCTAG，与基因芯片上对应位置的核酸探针产生互补匹配时，通过确定荧光强度最强的探针位置，获得一组序列完全互补的探针序列。据此可重组出靶核酸的序列。
如何在GEO数据库中比较两个子集 我想在两组芯片数据之间比较存在表达差异4倍以上的基因 应该怎么操作 你好，本公司是专门做生物信息数据处理的。差异表达基因的筛选（阀值。
如何根据RPKM值求差异表达基因 t检验会出现比较对的假阳性，可以用fdr校正一下。如果没有生物学重复的话，建议用DEGseq。也可以用edgeR包。read counts 需要联系给你做测序的公司，让他们提供一下。如果有服务器的话，亦可以自己跑一遍，不过比较费时间。
如何分析GEO数据库中某一疾病的差异基因？ 方法/步骤4四、差异基因分析 在inputset*处放入新生成的RData文件，colselect*处填写分组信息的列名称，根据需要更改阈值，点击运行（pic23）， 运行结束，生成html报告等。
请教关于韦恩图分析差异表达基因的问题 差异表达基因分析是根据表型协变量（分类变量）鉴定组间差异表达，它属于监督性分类的一种。在鉴定差异表达基因以前，一般需要对表达值实施非特异性过滤（在机器学习框架下属于非监督性分类），因为适当的非特异性过滤可以提高差异表达基因的检出率、甚至是功效。R分析差异表达基因的library有很多，但目前运用最广泛的Bioconductor包是limma。鉴定差异表达基因是表达谱芯片分析pipeline中必须的分析步骤。差异表达基因分析是根据表型协变量（分类变量）鉴定组间差异表达，它属于监督性分类的一种。在鉴定差异表达基因以前，一般需要对表达值实施非特异性过滤（在机器学习框架下属于非监督性分类），因为适当的非特异性过滤可以提高差异表达基因的检出率、甚至是功效。R分析差异表达基因的library有很多，但目前运用最广泛的Bioconductor包是limma。本专题示例依然来自GEO数据库中检索号为GSE11787 的Affymetrix芯片的数据，数据介绍参阅专题一。library(limma)design(~-1+factor(c(1，1，1，2，2，2)))这个是根据芯片试验设计，对表型协变量的水平进行design，比如本例中共有6张芯片，前3张为control对照组，后3张芯片为实验处理组，用1表示对照组，用2表示处理组。。
如何合并同一平台不同作者同一组织的基因芯片表达数据？ 如题，在GEO中下载了不同作者，对同一癌症与癌旁组织的基因表达芯片数据，且用的是相同的芯片平台，为了…
