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基因组组装的重复序列 什么是全基因组重复序列

2021-03-24知识8

真核生物基因组中的dna重复序列主要有哪些类型 1.高度重复序列重复几百万次,一般是少于10个核苷酸残基组成的短片段。如异染色质上的卫星DNA。它们是不翻译的片段。2.中度重复序列重复次数为几十次到几千次。如rRNA基因、tRNA基因和某些蛋白质(如组蛋白、肌动蛋白、角蛋白等)的基因。3.单一序列在整个基因组中只出现一次或少数几次的序列(也称为单拷贝序列或单拷贝基因),在小鼠中约占基因组的70%。如珠蛋白基因、卵清蛋白基因、丝心蛋白基因等。实验证明,所有真核生物染色体可能均含重复序列而原核生物一般只含单一序列。高度和中度重复序列的含量随真核生物物种的不同而变化。

基因组重复序列的特点 最低0.27元开通文库会员,查看完整内容>;原发布者:kjxyzxh知识介绍《生命的化学》2008年28卷3期CHEMISTRY OF LIFE 2008,28(3)·343·文章编号:1000-1336(2008)03-0343-03 基因组中重复序列的意义艾对元(兰州大学化学系功能有机分子化学国家重点实验室,兰州 730000)摘要:从原核生物到真核生物,其基因组中的重复序列呈递增趋势。重复序列的作用也被各种实验所揭示。各种重复序列的类型与它在e799bee5baa6e997aee7ad94e78988e69d8331333433623763染色体上的分布密切相关。重复序列不是垃圾,而是影响着生命的进化、遗传、变异;同时它对基因表达、转录调控、染色体的构建以及生理代谢都起着不可或缺的作用。它们的功能及演化也正在被逐步阐明。关键词:重复序列;基因组;基因调控网络中图分类号:Q75随着许多生物基因组测序工作的完成,大量的重复序列(repetitive sequence)被发现。重复序列在病毒和原核生物中很少出现;在真核生物中重复序列则广泛分布。它不仅在顺式调控元件如启动子、增强子、终止子处被大量发现,而且,很多rRNA基因和组蛋白基因本身就呈重复排列,称为基因簇。更为重要的是,它能够促使核酸形成高级结构,最终分化为常染色质(euchromatin。

什么是全基因组重复序列 全基因组重测序数据分析详细说明_图文_文库http://wenku.baidu.com/link?url=bzdlzax4V_HDHfXNFD74lffkn73ZVy2CQdSM0KFRJepllgYaDzbR2gGyyACxSuVHYwJVo__p22PpciIBPct49z5GpNtcrMLpAYDJJYYyFPm

真核基因组的高度重复序列 a.参与复制水平的调节反向序列常存在于DNA复制起点区的附近。另外,许多反向重复序列是一些蛋白质(包括酶)和DNA的结合位点。b.参与基因表达的调控DNA的重复顺序可以转录到核内不均一RNA分子中,而有些反向重复顺序可以形成发夹结构,这对稳定RNA分子,免遭分解有重要作用.c.参与转位作用几乎所有转位因子的末端都包括反向重复顺序,长度由几个bp到1400bp。由于这种顺序可以形成回文结构,因此在转位作用中即能连接非同源的基因,又可以被参与转位的特异酶所识别。d.与进化有关不同种属的高度重复顺序的核苷酸序列不同,具有种属特异性,但相近种属又有相似性。如人的α卫星DNA长度仅差1个碱基(前者为171bp,后者为172bp),而且碱基序列有65%是相同的,这表明它们来自共同的祖先。在进化中某些特殊区段保守的,而其他区域的碱基序列则累积着变化。e.同一种属中不同个体的高度重复顺序的重复次数不一样,这可以作为每一个体的特征,即DNA指纹f.α卫星DNA成簇的分布在染色体着丝粒附近,可能与染色体减数分裂时染色体配对有关,即同源染色体之间的联会可能依赖于具有染色体专一性的特定卫星DNA顺序。

基因组中重复序列的意义 生物信息学的研究重点主要体现在基因组学和蛋白质学两方面,具体地说就是从核酸和蛋白质序列出62616964757a686964616fe58685e5aeb931333433653939发,分析序列中表达结构和功能的生物信息。生物信息学的基本任务是对各种生物分析序列进行分析,也就是研究新的计算机方法,从大量的序列信息中获取基因结构、功能和进化等知识。而在序列分析中,将未知序列同已知序列进行相似性比较是一种强有力的研究手段,从序列的片段测定,拼接,基因的表达分析,到RNA和蛋白质的结构功能预测。物种亲缘树的构建都需要进行生物分子序列的相似性比较。生物信息学中的序列比对算法的研究具有非常重要的理论意义和实践意义。基因组中由寡核苷酸串联,重复排列的DNA序列,构成数量可变的串联重复序列,其中,微卫星DNA又称为短串联重复片列,是一种可遗传的不稳定的且具有高度多态性的短核苷酸重复序列,具有种类多,分布广,高度多态性等特点,这种多态性标志已广泛用于遗传病及亲子鉴定等.短序列比对中,一般常用的算法主要有三个:(1)空位种子片段索引法,首先将读段切分,并选取其中一段或几段作为种子建立搜索索引,再通过查找索引、延展匹配来实现读段定位,通过轮换种子考虑允许出现错配)的。

基因组重复序列的特点 1.高度重复序列 重复几百万次,一般是少于10个核苷酸残基组成的短片段.如异染色质上的卫星DNA.它们是不翻译的片段.在小鼠中约占基因组的10%.(重复序列是为了大量合成蛋白质和核酸)2.中度重复序列 重复次数为.

关于基因组组装的问题,请问我如何去寻找被打散了的基因序列呢~~?先谢谢了~ 楼主你好,你是说使用类似鸟枪法测序时候如何讲所有的序列拼接起来是吧?是这样的,在一次测序中,一般会打碎很多很多很多的细胞基因组,因为是随机打碎成100-200bp的小片段,那么来自不同基因组的小片段之间是会有重复序列的,在人类基因组工程里的标准是有50bp的碱基对匹配就将两个片段拼接在一起,然后再去找他们两端的序列,50bp匹配,就拼接。一点一点像拼图一样拼起来。通常在同一个位置上至少需要20个片段覆盖才算是确认无误。然后还需要一些之前知道的知识,比如哪个基因在哪个染色体上,拼出带有这个已知基因的片段就是该染色体的片段~具体的原理如果有兴趣欢迎追问~希望对你有所帮助~

复杂基因组对测序和组装有什么影响 ? 复杂基因组对测序和组装有什么影响,复杂基因组指的是无法使用常规测序和组装手段直接解析的一类基因组,通常指包含高比例重复序列、高杂合度、极端GC含量、存在难消除异源。

什么是全基因组重复序列?真核生物的基因组相当于基因的一股由只有一个复制DNA序列(也称单一DNA,unique sequence,single:-重复序列,基因组

为什么真核基因组含有大量重复序列 真核生物的基因组一般比较庞大,例如人的单倍体基因组由3×106 bp碱基组成,按1000个碱基编码一种蛋白质计,理论上可有300万个基因。但实际上,人细胞中所含基因总数大概会。

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