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你好,做基因PCR原液直接测序,有没有做三次重复的必要性? 基因测序重复

2021-03-21知识16

复杂基因组测序经典案例,基因组是所有生命遗传物质的集合,为生命行使生物学功能提供指导,基因组中的碱基序列信息记录着生命进化的历史。因而,基因组序列的完整解析可极大。

宏基因组测序对样品的生物学重复有什么要求? 土壤、水体2113等生态环境样本建议5个或5个以上的生物学5261重复;取样时每个4102样品均需多点取样后混匀,降1653低单个样本特异性。人和动物样本因个体特异性较大,建议10个以上生物学重复;肠道、瘤胃或粪便样本因含有较多厌氧菌,要快速取样、迅速低温保存,针对较难富集微生物的样品,如各种物体表面,可采用缓冲液洗脱或棉签擦拭等方法。样品取好后避免长时间放置,需尽快进行DNA提取,送样测序。

测序建库重复性是什么意思 新一代测序技术被誉为测序技术中的“工业革命”,作为基因组学研究的主要技术手段之一,它有着令人振奋的优点:更加灵活,可检测任何物种,不受探针设计限制,能发现新的核酸序列;更加灵敏,能够检测到细胞中少至几个拷贝的稀有转录本;更加精确,数字化信号,单核苷酸分辨率的精度.Question:新一代测序技术是否需要生物学重复?Answer:需要.测序技术离不开生物学重复。在过去的几年中,由于新一代测序技术的优越性以及高成本,导致了部分杂志编辑忽略了“生物学重复”的重要性.但是,随着测序技术应用的推广和成本降低,杂志编辑对文章的要求也不断提高,严谨的实验设计会越来越受到优秀杂志的青睐.2011年7月发表在《Nature Biotechnology》上的一篇文章为研究者以及杂志审稿人敲响了警钟—测序技术并不能消除生物学差异.和芯片技术一样,测序技术也需要生物学重复。文章中,研究者将两组转录组测序数据(生物学重复样本数分别为n=60和n=69)和对应的表达谱芯片数据(n=43,n=51)进行比对.结果发现,用测序和芯片技术研究相同的细胞,同一基因在不同生物学重复样本间表达水平的差异(SD值)是相似的(图a和图b).结果说明,生物学差异是基因表达自身的特性,与检测技术的选择以及数据处理的。

为什么不同基因测序公司提供的分析结果大相径庭? 最后找到去年国内人做的一篇,是基于中国人的:http://www. hindawi.com/journals/ji r/2013/891306/,根据他们的计算,也肯定了 rs6457617 作为 Marker 对类风湿性关节炎的。

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基因组测序原始数据需要删除重复序列么 不需要重复序列只是 表面上的重复,生物学作用,未知未知情况下,不要删除。

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