如何找出序列中短重复片段并标注 基因组中由寡核苷酸串联，重复排列的DNA序列，构成数量可变的串联重复序列，其中，微卫星DNA又称为短串联重复片列，是一种可遗传的不稳定的且具有高度多态性的短核苷酸重复序列，具有种类多，分布广，高度多态性等特点，这种多态性标志已广泛用于遗传病及亲子鉴定等.短序列比对中，一般常用的算法主要有三个：（1）空位种子片段索引法，如MAQ、ELAND等，首先将读段切分，并选取其中一段或几段作为种子建立搜索索引，再通过查找索引、延展匹配来实现读段定位，通过轮换种子考虑允许出现错配（mismatch）的各种可能的位置组合；（2）Burrows Wheeler转换法，如Bowtie、BWA、SOAP2等，通过B-W转换将基因组序列按一定规则压缩并建立索引，再通过查找和回溯来定位读段，在查找时可通过碱基替代来实现允许的错配；（3）Smith-Waterman动态规划算法，如BFAST，SHRiMP等，利用初始条件和迭代关系式计算两个序列的所有可能的比对分值，并将结果存放于一个矩阵中，利用动态规划的方法回溯寻找最优的比对结果。
DNA重复序列 你说的两种情况都是有的。我们遗传学课本上的定义是：重复序列是指在基因组中重复出现的DNA序列，根据其在基因组中重复频率特点又可分为串联重复序列和分散重复序列。
已测序基因组的杂合度，重复序列水平怎么查询基因测序是一种新型基因检测技术，能够从血液或唾液中分析测定基因全序列，预测罹患多种疾病的可能性，个体的行为特征及行为合理，如癌症或白血病，运动天赋，酒量等。基因测序相关产品和技术已由实验室研究演变到临床使用，可以说基因测序技术，是下一个改变世界的技术。基因组大小（size of genome）是指单倍体细胞核中的所含的DNA的总量.在可以进行基因组测序之前，生物学家是用质量来衡量不同生物之间基因组的大小.通常使用的单位为pg（10e-12），这个值简称为C-value.通过简单的换算就可以知道大概的碱基的数量.不过，对于已经测序的基因组，直接数数就可以了，如 vihole所述.不过对于目前测序的基因组还是很少，估计在1千左右，而现存物种按照最保守的估计也有200万种（Ref 1），因此C-value在估计基因含量和生物复杂度方面还是有非常大的应用潜力.
DNA鉴定用的是哪条染色体上的DNA？ 您好。DNA鉴定中，所使用的短串联重复序列（STR）标记在23对46条染色体中都大量存在。而鉴定试剂盒生产商ABI和promega、中德美联等，都是采取13个核心位点和其他多态性比较。
怎么查找并确定叶绿体基因组的反向重复区？ 如何确定叶绿体基因组反向重复区的大小叶绿体基因组在很多方面与线粒体基因组的结构是相似的。叶绿体DNA（cpDNA）是双链环状，缺乏组蛋白和超螺旋。cpDNA中的GC含量与核DNA及mtDNA有 很大的不同。因此可用CsCl密度梯度离心来分离cpDNA。每个叶绿体中cpDNA的拷贝数随着物种的不同而不同。但都是多拷贝的。这些拷贝位于类核区。例如甜菜的叶细胞中每个类核体有4~8个拷贝的cpDNA，而每个叶绿体有4~18个类核体，每个细胞中约有40叶绿体。每个细胞总共有约6000cpDNA分子。在衣藻中（chlamydomonas）（单细胞生物）在细胞中一个叶绿体含有500~1500 cpDNA分子。烟草和水稻（Oryza sativa）叶绿体全序列分析表明cpDNA基因组成有以下特点：1.基因组由两个反向重复序列（IR）和一个短单拷贝序列（short single copy seguence，SSC）及一个长单拷贝序列（long single copy seguence，LSC）组成；2.IRA和IRB长各10-24Kb，编码相同，方向相反。3.cpDNA启动子和原核生物的相似，有的基因产生单顺反子的mRNA，有的为多顺反子mRNA；4.尽管cpDNA大小各不相同，但基因组成是相似的，而且所有基因的数目几乎是相同的，它们大部分产物是类囊体的成分或和氧化还原反应有关（表20-7）；5.其。
根据以下资料回答问题： （1）C-T之间配对需要由3个氢键才可以形成碱基对，A-T碱基对需要2个氢键．高温可将DNA解旋断裂氢键形成单链．氢键越多，温度越高，因此解旋温度越高，则说明DNA中G-C碱基对的比例越大．（2）若亲代STR有50个碱基对，则亲代关于STR基因的基因型都是杂合子，即一条染色体上的STR基因含有32bp、其同源染色体上的STR基因含有18bp，则图2中个体C是系谱图中的患甲病，甲病为STR（双隐），则图2中个体C是系谱图中的Ⅱ-1号个体，因此可看出STR长度为18bp的DNA片段为STR隐性基因；但图2中Ⅲ-3从遗传系谱图看是患甲病的，从图2看Ⅲ-3是杂合子，不患甲病，和系谱图中不符．（3）若图1中Ⅱ-1为疑似拉登，则与Ⅰ-1的STR电泳结果相比，条带相同的概率为12，若Ⅱ-5为其姐姐甲，二者是同父异母，则对比姐弟俩的STR电泳结果，条带相同的概率最大为12，要得到99.99%相同概率的结论，则必须与本人DNA电泳结果对比．故答案为：（1）G-C（2）Ⅱ-1 18Ⅲ-3（3）12 12 本人
