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求教针对VASP分子动力学计算的数据结果分析问题 vasp 氧分子

2021-03-18知识4

怎么进行电荷分析?vasp能给出某个原子有几个电子嘛 可以预测周期性体系的能量、Reflex、COMPASS、键和反应能量、纳米线。Materials studio可以进行构型优化、磁学和晶格动力学性质等等、热力学性质和反应路径等等,我一般用。

我用VASP算分子动力学,为什么一直报错 VASP全称Vienna Ab-initio Simulation PackageVASP是维也纳大学Hafner小组开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包。它是目前材料模拟和计算物质科学研究中最流行的商用软件之一。分子动力学是一门结合物理,数学和化学的综合技术。分子动力学是一套分子模拟方法,该方法主要是依靠牛顿力学来模拟分子体系的运动,以在由分子体系的不同状态构成的系统中抽取样本,从而计算体系的构型积分,并以构型积分的结果为基础进一步计算体系的热力学量和其他宏观性质。

求教针对VASP分子动力学计算的数据结果分析问题 1.如何提取温度-时间和总能-时间变化信息?温度,能量-时间信息在OSZICAR里面,可以用grep提取。2.一般有哪几种方式可以得到径向分布函数RDF分布曲线?不懂什么意思,RDF曲线按公式算就行。好像有中子衍射数据的话可以做Fourier变换从试验上得到,这块不太懂。3.VMD读取vasprun.xml得到RDF的具体操作步骤是什么?尤其是不懂selection1、selection2如何选取?数据导入到vmd后,点extension->;radio distribution funcion->;Use Molecule选你需要的molecue,一般直接把xml文件拖进去的话这个只有一个,选了就行。selection 1 和 selection 2分别是中心原子(类)和相对原子(类)。这里要用vmd的选择原子的语言,比如,我算vasp时候INCAR里面是Li和O,那么vasp.xml导入vmd以后就会有type Li和type O。这里type是关键字。以我的为例子,我selection 1 里面写type Li,selection 2里面也写type Li。那我得到的就是Li的g(r)。你的体系要自己看了。如果对特定分子有要求,就要自己对原子进行重新定义。

#vasp 氧分子

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