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微生物群落分析技术 如何采用基因指纹技术监测微生物群落的变化

2021-03-09知识40

微生物群落多样性测序与功能分析 去文库,查看完整内容>;内容来自用户:negvs54微生物群落测序是指对微生物群体进行62616964757a686964616fe58685e5aeb931333433646366高通量测序,通过分析测序序列的构成分析特定环境中微生物群体的构成情况或基因的组成以及功能。借助不同环境下微生物群落的构成差异分析我们可以分析微生物与环境因素或宿主之间的关系,寻找标志性菌群或特定功能的基因。对微生物群落进行测序包括两类,一类是通过16s rDNA,18s rDNA,ITS区域进行扩增测序分析微生物的群体构成和多样性;还有一类是宏基因组测序,是不经过分离培养微生物,而对所有微生物DNA进行测序,从而分析微生物群落构成,基因构成,挖掘有应用价值的基因资源。以16s rDNA扩增进行测序分析主要用于微生物群落多样性和构成的分析,目前的生物信息学分析也可以基于16s rDNA的测序对微生物群落的基因构成和代谢途径进行预测分析,大大拓展了我们对于环境微生物的微生态认知。目前我们根据16s的测序数据可以将微生物群落分类到种(species)(一般只能对部分菌进行种的鉴定),甚至对亚种级别进行分析,几个概念:16S rDNA(或16S rRNA):16S rRNA基因是编码原核生物核糖体小亚基的基因,长度约为1542bp,其分子大小。

微生物群落分析技术 如何采用基因指纹技术监测微生物群落的变化

微生物群落和微生物之间的关系主要有哪些急用 微生物群落和微生物之间的关系微生物群落的种群多样性一直是微生物生态学和环境学科研究的重点。近几年来,微生物群落结构成为研究的热点。首先,群落结构决定了生态功能的。

为什么说用DGGE技术可以分析土壤微生物群落结构的变化

用什么方法能够分析微生物群落与理化指标的相关性 浓香型白酒的生产是以酒2113醅为原料,以窖池5261为载体,在窖池发酵过程4102中大曲微生物、窖池微生物形成1653复杂的微生物群体进行一系列的物质能量代谢[1]。在发酵过程中,窖池内的微生物群落系统将酒醅中的淀粉转化为白酒的主要成份及其微量的香味物质,窖内的理化指标呈现一定规律的变化,同时酒醅中成份的改变也引起了微生物群落生存环境的改变,如营养成份复杂化,环境酸度增加等,群落结构也有相应的改变,窖内优势菌群逐渐呈现稳定状态。微生物对酒醅的作用与窖内环境对微生物的选择使得酒醅经过一个周期的发酵能够产生具有独特风味的浓香型白酒。近年来PCR-DGGE技术愈加成熟的运用于对组织结构和土壤样品种的微生物群落结构研究[2~4],该技术也逐步运用于白酒窖内微生物多样性研究,对白酒窖内样品中微生物的多样性、丰度、准确反应[5~7],利用PCR-DGGE对浓香型白酒窖泥中细菌和古菌群落进行研究,发现细菌有9~22条条带,古菌有7~12条条带,利用PCR-SSCP对浓香型白酒酒醅进行研究,发现酒醅中的细菌和真菌各有9~20和7~16条条带[6~7]。

如何采用基因指纹技术监测微生物群落的变化 环境微生物群落多样性分析环境中微生物的群落结构及多样性和微生物的功能及代谢机理是微生物生态学的研究热点。长期以来,由于受到技术限制,对微生物群落结构和多样性的认识还不全面,对微生物功能及代谢机理方面了解的也很少。但随着高通量测序、基因芯片等新技术的不断更新,微生物分子生态学的研究方法和研究途径也在不断变化。第二代高通量测序技术(尤其是Roche454高通量测序技术)的成熟和普及,使我们能够对环境微生物进行深度测序,灵敏地探测出环境微生物群落结构随外界环境的改变而发生的极其微弱的变化,对于我们研究微生物与环境的关系、环境治理和微生物资源的利用以及人类医疗健康有着重要的理论和现实意义。在国内,微生物多样性的研究涉及农业、土壤、林业、海洋、矿井、人体医学等诸多领域。以在医疗领域的应用为例,通过比较正常和疾病状态下或疾病不同进程中人体微生物群落的结构和功能变化,可以对正常人群与某些疾病患者体内的微生物群体多样性进行比较分析,研究获得人体微生物群落变化同疾病之间的关系;通过深度测序还可以快速地发现和检测常见病原及新发传染病病原微生物。

为什么用分子生物学方法分析环境微生物群落组分 比如用分子生物学的DGGE技术来进行微生物群落分析,优点是快速且灵敏度及准确性高。而如果是用传统方法,很多环境中的微生物不好分离,甚至目前无没体外培养。以及在做菌的物种鉴定时,传统方法用时长且要较强专业水平,而用分子生物学方法,只要PCR及测序,快了很多,准确度也更高,且易于操作。

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