怎么利用ncbi的entrez检索核酸数据库获得登录号 集成信息检索:ENTREZ系统编辑本段回目录检索服务器可以对有目标的检索记录,但它主要的缺陷在于一次只能从一个数据库中检索到记录;想对一批数据库进行检索的用户必须为每一个目标数据库分别发出一次申请。很明显,这些大量的公用数据库之间存在着逻辑联系。例如,MEDLINE中的一篇论文可能描述一个基因的序列,该基因又在GenBank中出现。其核苷酸序列所编码的蛋白质的序列又存放在蛋白质数据库中。这种蛋白质的三维结构可能又是已知的,结构的数据可能出现在结构数据库中。最后,基因可能定位在某条染色体的某个区域,这类信息存放在图谱数据库中。在这些生物学上的联系的基础上开发了一种方法;可以通过它查询所有与某一特殊的生物学实体有关的所有信息,而不必按次序查询分立的数据库。这就是一个名为Entrez的分子检索系统。它由NCBI开发和维护,Entrez在所有的主要的数据库计算机平台上均可使用,允许对PubMed(MEDINE)的记录,核苷酸和蛋白质的序列数据,三维结构信息,图谱信息进行集成的访问。全部信息只需经过一次查询。Entrez能够通过数据库之间的两种类型联系:相近性和硬连接来提供集成的信息检索。
DNA和蛋白质序列数据分析工具的图书目录 第二版前言第一版前言第1章 序列比对工具BLAST和ClustalX的使用1.1 序列比对BLAST1.1.1 Basic BLAST1.1.2 网上blastx比对1.1.3 网上PSl.Blast比对1.1.4 Specialized BLAST1.1.5 网上Blast2比对1.2 本地运行BLAST(Windows系统)1.2.1 BLAST程序下载1.2.2 BLAST程序安装1.2.3 进入DOS命令行提示符状态1.2.4 搜索数据库的格式化1.2.5 BLAST搜索程序运行1.2.6 本地化BLAST搜索结果查看1.3 多序列比对(ClustalX)1.3.1 ClustalX的使用1.3.2 数据的输入1.3.3 数据的输出主要参考文献第2章 真核生物基因结构的预测2.1 基因可读框的识别2.2 CpG岛、转录终止信号和启动子区域的预测2.2.1 CpG岛的预测2.2.2 转录终止信号的预测2.2.3 启动子区域的预测2.3 基因密码子偏好性计算:CodonW的使用2.4 采用mRNA序列预测基因:Spidey的使用2.5 ASTD数据库简介主要参考文献第3章 电子克隆3.1 利用UniGene数据库进行电子延伸3.1.1 目标序列的检索3.1.2 UniGene数据库检索3.2 从数据库中获取CDNA全长序列3.3 本地序列拼接3.3.1 CAP3序列拼接程序3.3.2 Velvet序列拼接程序3.4 基因的电子表达谱分析3.5 核酸序列的电子基因定位分析主要参考文献第4。
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什么叫智能检索技术 将文章中所有的文字序列都作为检索对象,找出包含有欲检索词汇的文章?这就是全文检索。全文检索技术根据使用领域分为两类:互联网搜索引擎和企业内容检索系统。两者使用。
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什么是NCBI。有什么用途? http://www.ncbi.nlm.nih.gov/,是一个基因库,可以查询已知序列,还可以查找文章,登记序列等等,不管是筛选细菌还是做分子实验,都是很有用的网站
常用的查询蛋白质结构以及序列的数据库主要有哪些? 1.PIR和PSDPIR国际蛋白质序列数据库(PSD)是由蛋白质信息资源(PIR)、慕尼黑蛋白质序列信息中心(MIPS)和日本国62616964757a686964616fe58685e5aeb931333332643332际蛋白质序列数据库(JIPID)共同维护的国际上最大的公共蛋白质序列数据库,可在这里下载。这是一个全面的、经过注释的、非冗余的蛋白质序列数据库,其中包括来自几十个完整基因组的蛋白质序列。所有序列数据都经过整理,超过99%的序列已按蛋白质家族分类,一半以上还按蛋白质超家族进行了分类。PSD的注释中还包括对许多序列、结构、基因组和文献数据库的交叉索引,以及数据库内部条目之间的索引,这些内部索引帮助用户在包括复合物、酶-底物相互作用、活化和调控级联和具有共同特征的条目之间方便的检索。每季度都发行一次完整的数据库,每周可以得到更新部分。PSD数据库有几个辅助数据库,如基于超家族的非冗余库等。PIR提供三类序列搜索服务:基于文本的交互式检索;标准的序列相似性搜索,包括BLAST、FASTA等;结合序列相似性、注释信息和蛋白质家族信息的高级搜索,包括按注释分类的相似性搜索、结构域搜索GeneFIND等。2.SWISS-PROTSWISS-PROT是经过注释的蛋白质序列数据库,由欧洲生物信息学研究所。
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