请问拿到测序的结果，怎么找不到引物序列？ 你应该在DNAMan上进行比对5261，看引物能不能比对上（一个不4102变，一个反向互补），如果1653比不上，那可能就不是你要的序列，如果能比上，上游以引物第一个为分界线，去除前面的；下有一最后一个为分界线，去除后面的，剩下的就是目的序列。
进行引物设计的时候怎么找保守区段？ 看看目的基因的参考文献，文献里通常会提到哪些区段比较保守。如果没有参考文献，就比较不同物种的该基因，看看哪些片段同源性最高，同源性最高的就是保守区段。
怎么检测设计的引物是否合适 可以用于正式实验的引物必须满足以下条件：a溶解曲线单峰，窄而尖，否则可能有非特异性扩增；峰的位置横坐标一般在80度以上，这个温度为PCR产物的解链温度，如果在75度附近，可能是引物二聚体，miRNA染料法检测时，溶解曲线的峰的位置可能在75度附件b琼脂糖电泳为明亮的一条带，条带一般在100bp以上，如果设计引物时PCR产物在100bp一下，需要仔细辨认是否为引物二聚体；引物二聚体的条带一般在50bp左右，条带弥散，暗。c扩增曲线呈“S”形，一般情况下，S形越陡，扩增效率越高，S形越平，扩增效率低。有时会出现扩增曲线只有线性期，没有指数期的情况，这时一般扩增效率较低，建议检测一下扩增效率，用标准曲线法计算相对表达量。染料法的扩增曲线比探针法的扩增曲线要好看。d样品Ct值小于30，对于Ct大于30的情况，建议重新设计一对引物，重新调试。如果几对引物的Ct值都较大，可以适当放宽Ct至35。但是Ct值肯定不能大于35。
有一个最基本的PCR问题没有明白，引物到底是如何和模板链结合的 一个引物与靶区域一端的2113一条DNA模板链互补。5261引物为人工4102合成的两段寡核苷酸序列，一1653个引物与靶区域一端的一条DNA模板链互补，另一个引物与靶区域另一端的另一条DNA模板链互补，其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点，核酸聚合酶可由其3端开始合成新的核酸链。PCR引物设计的目的是找到一对合适的核苷酸片段，使其能有效地扩增模板DNA序列。如前述，引物的优劣直接关系到PCR的特异性与成功与否。对引物的设计不可能有一种包罗万象的规则确保PCR的成功，但遵循某些原则，则有助于引物的设计。扩展资料：PCR扩增的作用机制：1、在标准反应中采用三温度点法，双链DNA在90～95℃变性，迅速冷却至40～60℃，引物退火并结合到靶序列上，快速升温至70～75℃，在Taq DNA聚合酶的作用下，使引物链沿模板延伸。2、93℃～94℃1min足以使模板DNA变性，若低于93℃则 需延长时间，但温度不能过高，因为高温环境对酶的活性有影响。若不能使靶基因模板或PCR产物完全变性，就会导致PCR失败。3、变性后温度快速冷却至40℃～60℃，可使引物和模板发生结合。由于模板DNA 比引物复杂得多，引物和模板之间的碰撞结合机会远远高于模板互补链之间的碰撞。参考资料来源：。
求助保守序列查找，引物设计 如果：你研究的物种没有这个基因，就可以按下面步骤做。1：把你的基因名称粘贴在NCBI的蛋白质数据库中，进行搜抄索（这个比核酸数据库更保守一些）2：根据搜索到袭的结果，看下面列出的信息，有没有和你研究物种是近缘的（从分类上说的）3：下载10-20条左右的氨基酸序列2113（片段长度最好差不多、下载最好分布多个近缘物种）4：保存成FASTA格式，用MEGA软件（或其他可对比软件）5261，进行比对5：根据比对结果，找到保守序列（例如MEGA的显示是小星号，这个自己看一下软件就OK啦）6：根据保守序列，按照简并引物设计原则，设计成对引物。（这个要学习一下如何从氨基酸翻译成核苷酸）7：将序列给公司，进行合成。8：回来，进行普通PCR扩增，如果有目的条带，则进行割4102胶回收，连接载体，克隆，测序9：将测序结果进行BLASTX比对，看扩增的是否是你的基因，可用于全长扩增等后续实验如果：你研究的物种有这个基因，就直接根1653据数据库中的序列设计引物就行啦。
怎么样通过引物序列找目的基因 你先看看你引物序列是什么吧，如果是巢氏PCR的引物，很有可能一部分序列是不在靶基因中的。即使是一般的PCR引物，也可以只有3'端的一部分序列与靶基因匹配即可。如果你想验证，直接合成后PCR，然后测序，验证下是不是得到EGFR序列即可。当然，你也可以根据EGFR基因自己设计引物，这个很容易。
在保守序列上找上下游引物需要翻译过来找吗 用RACE扩增要还一些，用保守序列扩增一个问题是保守区位置不好，扩增后任然不是基因全长，第二个你是新手保守序列设计引物不一定能设计到合适的引物。
为什么在PCR时总是说“一对引物”呢？是要同时结合在两条链上，还是都结合在一条链上？ 是分别和两条链配对的序列。你可以在纸上画一下，第一次扩增时假设可以从引物向另一端无限延伸，那第二个循环时以一端是上游引物片段的序列为模板，从另一端的下游引物延伸过来，延伸到和上游引物第一个碱基处就终止了，另一个模板一样。多次循环后，体系中多数都是位于两条引物间的序列了。中国西部生命科学论坛
