功能医学主要是围绕着测试下列系统来确定机体功能，评估失常及导致疾病的可能性并给予适当的干预及治疗：内分泌（荷尔蒙）系统失衡、免疫功能失衡。解毒功能失衡、消化功能失衡、抗氧化功能失衡、骨骼肌肉系统失衡。通过收集受检者的血液、尿液、唾液、粪便和头发等标本，运用LC/MS/MS、ICP-MS等高精度仪器物理学、化学和生物学等实验方法，检测、评估人体器官功能。
从我们降生到这个世界的那一刻起，荷尔蒙就如影随形了。荷尔蒙决定我们是男是女，决定我们的外貌、感受、想法、言行举止，我们的健康及衰老的程度。在荷尔蒙复杂难解的形成中，它通过血液循环，携带着简单如“睡觉”，到复杂至“打开生育的魔力”这样的信息到身体的各个器官。荷尔蒙存在于机体的每一个部位，从大脑、肠胃，一直到生殖器官、肾脏及肝脏等器官中。荷尔蒙是机体的生物信使，整个内分泌系统通过无数形式相互联系，并相互影响着。荷尔蒙传递得越好，我们衰老得就越慢；而荷尔蒙循环受阻或者没有效率，那么我们衰老的进程就会加速。很多研究证实，荷尔蒙平衡与否与免疫力有直接关联。
免疫功能是保护机体免疫疾病侵袭的重要器官，当今，机体的免疫系统承受着巨大的工作量，从滥用药物，尤其是抗生菌、环境污染、内压、饮食不均衡及缺乏个性化营养素，使机体显现在一个亚健康的状态。低免疫力的一个重要症状是亚健康，而降低的免疫力是很多疾病包括过敏、自身免疫性疾病（甲状腺结节、风湿性关节炎等）及癌症的温床。
解毒是指一个将体内毒素（环境雌激素、药物等）转换为可以被机体排泄的无害分子的过程。所有环境毒素、进入肠胃道的食物、药物及机体新陈代谢中产生的废物都将在肝中进行轮解毒。在第二阶段的排毒过程中，机体中的大水溶性分子将粘附毒素，使毒素被转换成易通过尿及粪便被排泄之物。
若体内有太多的毒素，或肝脏没有营养素支持它的工作，或者肝脏功能效率降低，那么肝脏排除毒素的功能将降低，不能排除体外的毒素将逗留在体内，进入血液循环来损害机体脏器包括大脑，而可能导致轻者焦虑、过敏、疲劳，重者癌症等疾病。
在我们的有生之年，大约需要消耗30-60吨的食物。这些食物通常都是由维生素、矿物质甚至是毒素等的一些大分子或者微量营养素构成的。因而只有处于更佳状态的胃肠道系统才能消化吸收这些物质。同时又由于胃肠道的特殊环境，将近有1000亿的微生物在此构成共生关系，由此， 消化及吸收不良将造成营养缺乏， 消化功能的失衡与否直接决定了人体内细菌毒性代谢产物或有益副产品产量的多少。
人体内的能量转化需要氧的参与。氧化物在体内不断的堆积， 而抗氧化功能的失衡就会导 致机体一系列功能的失效。自由基导致衰老的重要原因是过量。自由基过量的产生及积累导致了机体的损害，而从另一个角度来看，自由基危害的过程可以把它看成是一个氧化—即一个把氧加到一个物质的过程。氧化的另一次是“锈”，所以从某种意义上来说，疾病及衰老现象是一块原本平整、光亮的金属片而生锈腐烂。
人体的骨骼肌肉系统不仅让人活动自如，更是为脏器提供了坚实的保护。它包括有200多块骨骼、600多块肌肉以及例如肌腱，软骨，结缔组织，胶原蛋白等等的多种关节。而人体更重要的骨骼系统脊柱则是人体中枢及周围神经系统的保护伞，而脊柱、骨骼移位（subluxation）将使神经传导受阻，而影响机体器官的运作及正常功能骨骼。
