朱棣
朱棣迁都北京后，对历代帝王的祭祀要么传制由南京太常寺负责，要么安排在故宫的文华殿，或是北京的郊坛，这种局面一直持续了百余年。可对热衷于礼制改革的嘉靖皇帝来说，南京历代帝王庙遥远，不便前往亲祭，在北京郊坛祭祀历代帝王，又不够正式；再加上他自嘉靖九年（1530）起将原来的天地合祀改为天地分祀，于圜丘（天坛）从祀天神，方丘（地坛）从祀地祇，而历代帝王属人鬼，与天神、地祇不搭，又不能与风云、雷雨、五岳等列为一类。思前想后，明世宗干脆下令效仿南京祖宗之制，在都城北京择地修建新的历代帝王庙，地点选在阜成门内大街的保安寺旧址，庙制基本照搬，只是历代帝王的塑像被神牌所代替。嘉靖十一年（1532）夏，北京历代帝王庙建成，八月，嘉靖帝亲临致祭，出发前一天还不忘去太庙告知诸位先祖，历代帝王庙换地了，此后对历代帝王的祭祀于北京历代帝王庙进行，南京历代帝王庙在清代被彻底毁弃后，北京历代帝王庙成为全国绝版。
景德崇圣殿内供奉的夏商帝王的神位
据明末清初孙承泽《春明梦余录》记载，北京历代帝王庙由景德崇圣殿、东西两配殿、东西燎炉、祭器库、景德门、神厨、神库、宰牲亭、钟楼、庙街东西景德牌坊、下马牌等组成。景德崇圣殿为正殿，殿内60根巨柱，由金丝楠木制成，这种木材，到清代已几乎绝种，相比南京历代帝王庙正殿的单檐庑殿顶，北京历代帝王庙正殿的屋顶样式升至最高级——重檐庑殿顶；屋顶上的黑琉璃瓦绿剪边，则要到乾隆二十七年（1762）修缮时才被黄琉璃瓦所取代。
历代帝王庙前两座下马碑
照理说，老祖宗朱元璋定下的规矩，不得轻易更改。可偏偏有人对元世祖忽必烈有意见。早在北京历代帝王庙修建时，翰林院的姚涞就发表过《论元世祖不当与古帝王同祀疏》，被礼部以“宜遵旧制 ，庙祀如故”驳回。十多年后，时过境迁，当礼部右给事中陈棐于嘉靖二十四年（1545）再次申论元世祖不当入祀帝王庙时，嘉靖帝不惜违背祖制，将元世祖神牌及从祀的5位元代名臣牌位一并拿下。如此180度大转变自然与嘉靖朝愈演愈烈的蒙古边患有关，用陈棐的话说，既然在庙中祭祀胡虏之君元世祖 ，为什么还要抵抗他们的侵略？既然崇祀元世祖的神位 ，为什么还要阻止与他们的交往？因而陈棐坚词以请，认为只有罢祀元世祖，才能“诏谕海内，必有发舒华夏之气……士气既奋则兵威自扬”。很显然，双边态势并没有按陈棐和嘉靖帝所想的那样发展。嘉靖二十九年（1550），蒙古首领俺答汗率军从大同边塞一路攻入古北口，兵临城下，武力要求明朝政府开放边贸，史称“庚戌之变”。明朝不得不开放宣府、大同等地与蒙古进行马匹交易，全国上下，到处弥漫着一股仇恨蒙古的情绪。最受“苦虏之扰”的嘉靖帝到了晚年，每写“夷狄”字必极小，凡诏旨及章疏均是如此，足见其厌恶程度。元世祖的“缺席”，恰是嘉靖年间对外政策的真实写照。
