目前感染幽门螺杆菌的人群（占总人群的50%），大都患有慢性 “浅表性胃炎”，在大多数情况下，是无症状的。约10%的幽门螺杆菌引起的慢性活动性胃炎会发展为严重的慢性萎缩性胃炎。因此被视为胃癌发生的Ⅰ类致癌物。在胃内它定植于胃黏膜表面。当幽门螺杆菌与上皮细胞接触时，会引发炎症反应，并增加细胞因子和趋化因子的产生。这些生化介质会吸引炎症细胞进入黏膜。在多数情况下，免疫反应无法消除感染源，除非通过治疗将细菌根除，否则感染可能会持续数十年。长期的炎症可能导致上皮细胞损伤，随着时间的推移，腺体减少或丢失，这些腺体可能被衬有肠型上皮的腺体所取代（肠上皮化生）。胃粘膜的持续损伤可形成胃黏膜的不典型增生和恶性转化。大约5%的严重萎缩性胃炎患者会进展为肠型胃癌。肠型胃癌发生进程为:
慢性活动性胃炎→
多灶性萎缩性胃炎无肠上皮化生→
肠上皮化生→
不典型增生
后三个阶段被认为是胃癌的癌前病变，胃癌发生的风险随着癌前病变的严重程度而增加。
慢性萎缩性胃炎显微镜下形态学（苏木素-伊红染色）
【描述：胃黏膜变薄，腺体数目减少，体积变小，并有囊性扩张；腺体之间有较多炎细胞，主要为淋巴细胞浸润；胃黏膜肠上皮化生——见胃黏膜腺体中出现大量杯状细胞（↑）。】
根除幽门螺杆菌能有效地防止胃癌发生。在早期胃癌患者中根除幽门螺杆菌可降低随后发生胃癌的风险，并降低了与疾病相关病变的严重程度。但不要误以为根除了幽门螺杆菌就万事大吉了，多项研究表明即使根除了幽门螺杆菌后，慢性萎缩性胃炎伴肠上皮化生的患者也有发生胃癌的风险。因此对幽门螺杆菌感染引起的内窥镜下所见严重萎缩性或组织学表现为肠上皮化生的胃炎患者，即使在根除了幽门螺杆菌后，也必须定期进行内窥镜监测，以便早期治疗。
