何腾蛟听了郭都贤的鼓动，回到武昌。和左良玉说了见郭都贤的事。左良玉对何腾蛟说我也正为这事找你。说南京朝廷已经乌烟瘴气，我打算亲自去清君侧。清除马士英、阮大钺曱甴之辈。何腾蛟听说左良玉要清君侧，立马惊出一身冷汗，说朝廷现在如孑孓之弱，铁定经不起折腾了，还是想想别的办法吧。但是何的搭档湖广巡按御史黄澍却极力怂恿，说我上次在朝堂和马士英争论都掀桌子了，他们还差点把我赶出来，不带兵去没用的。
左良玉知道何腾蛟和马士英是老乡关系，所以对他没有完全交底。
何腾蛟无可奈何。偷偷离开武昌，躲到岳州。
左良玉和黄澍率部东征，把武昌洗劫一空。他们找来长江水师都督袁继咸，拿出一份“太子密诏”说要他率长江水师一起去南京清君侧。
袁继咸知道朝廷腐败不假，但这个太子密诏肯定又是那些东林党人搞的阳谋，现在还打内战无异于自寻死路，所以死活不同意，还秘密通知水兵到九江城拦截左良玉的部队。
谁知左良玉的手下抢先下手把九江城烧了。还放出风声说是袁继咸派人烧掉的，目的是要和左侯爷一同去南京清君侧。袁继咸被软禁在船上无计可施，跪在左良玉的前面痛哭请求收兵。左良玉深知逆天而为终将不可行，当晚忧郁而亡。临死前也说出一句真心话：“是我害了继咸。”
左良玉的部下秘不发丧，留他的儿子左梦庚留守九江，派先头部队继续东进，连下五城。
弘光皇帝急召大臣们商议。有人说，江北清军已经打过来了，还是御敌要紧，左良玉毕竟还是自己人，来了再计较吧。马士英急得跳脚，说清兵来了只是要国，左兵来了是要命。我已经调四镇兵马从江北到西部来抵御左良玉叛军来了。
皇帝没办法只好请史可法回朝来帮他。
史可法从扬州急速到达江南。此时左良玉部队在南京西面遭到黄得功阻击而失败。
马士英此时又假借皇帝圣旨给史可法说：朝廷已安，御敌要紧，你还是先回江北去吧。
史可法明知已无力回天，遂向南京城方向磕罢头，心里说皇上自己保重吧！旋即回到扬州，深知遭到此次变故，清兵必定趁火打劫，必须立即组织御敌。
可是在战前会议上四个总兵有三个劝他向清兵投降，说大势已去，联掳是策投掳也是策。只有黄得功表示坚决跟着督师抗清到底，但他的部队因抵御左兵已被调往西线，扬州已是孤悬险境。
史可法晓明大义，说我大明臣子决不能做清犬。
但在战术问题上，史可法再次表现出他的妇人之仁。他不但没有收缴欲投降的三人兵权，而且还让他们回到自己的营地。
可想而知，战争一开，史可法变成了孤独将军。
部下要他南下寻找生机，他毅然回绝，说要用我的成仁告诉天下，大明还有人在御敌。
于是他组织起在身边的亲兵不到一万人，孤守扬州。
很快，四月份，清兵和降清的原明军就打到扬州，史可法率军顽强抵抗，被清军屠城十日杀得片甲不留，满城都是残尸断体，惨不忍睹。可怜一代英豪胸怀报国之志却无力回天，死了连尸体都没能找到。
很快南京城就破了。皇帝随后被俘，听说在押往北京的途中还整天闹着要吃酒肉。左梦庚带着他父亲曾引以为自豪的安南大军向清兵直接投降了。马进忠等不肯投降，秘密跑去投奔了何腾蛟。
听到最后消息，都贤无异五雷轰顶。特别是史可法的慷慨殉国让都贤觉得最后的一丝希望都落空了。痛苦良久为史可法写就一首悼词:
“昔歌正气，河月星辰。天地钟萃，亶我道怜。出入将相，韩范后身。忠继李纲，节迈张巡。予丧予丧，泣悲获麟。何以赤松，貌如妇人。”
