乾隆十年（1745年）九月，噶尔丹策零病死。为争夺汗位，准噶尔统治集团内部互相攻杀，使本来就不安定的准噶尔部陷于内乱之中。
噶尔丹策零有三子一女：长子喇嘛达尔札，次子策妄多尔济那木札尔，幼子策妄达什，女儿乌兰巴雅尔。乾隆十一年初，年方12岁的策妄多尔济那木札尔“以母贵嗣汗位”。但他昏庸无能，残暴嗜杀。
其姐乌兰巴雅尔等每以善言规劝，禁其淫乱，他非但不听劝诫，反而听信谗言，将其姐和姐夫赛音伯勒克拘禁起来。那木札尔的荒淫暴戾，引起准噶尔部多数贵族及其属下民众的不满。乾隆十五年（1750年）夏，策妄多尔济那木札尔欲利用行围打猎的机会杀害对其汗位最具威胁的异母兄长喇嘛达尔札。
拥护喇嘛达尔札的赛音伯勒克等人亦借机行事，将策妄多尔济那木札尔擒获，剜去双目，囚禁于阿克苏。喇嘛达尔札登上了准噶尔汗位。
喇嘛达尔札虽为长子，但系庶出，因此不能服众，“诸台吉皆觊能大位，各不相下”。乾隆十六年（1751年），辉特部台吉阿睦尔撒纳、和硕特部台吉班珠尔以及达什达瓦等人，谋立策妄达什为汗。事发，达什达瓦和策妄达什被杀，阿睦尔撒纳和班珠尔则逃亡到达瓦齐处。达瓦齐系巴图尔珲台吉之后，大策凌敦多布之孙，游牧于额尔齐斯沙喇泰地方，人众地险，而且“他的族系出身使他有权优先继承汗位”。喇嘛达尔札早就对他存有戒心，这时即派人前去传唤达瓦齐，欲以议事为名将其召来杀掉。
达瓦齐预知其谋，拒不从命，喇嘛达尔札遂派兵往擒。达瓦齐得知此信，于九月二十二日率部众5000人内附。行进途中，达瓦齐在和通哈尔按地方击败了杜尔伯特台吉策凌乌巴什所率追兵，但仍未能摆脱敌人。在纳林布鲁尔河、阿尔泰山梁一线，又有博和勒岱、鄂勒哲依率兵万余邀截，因阿尔泰山地狭难过，达瓦齐遂与阿睦尔撒纳、班珠尔经额尔齐斯逃往哈萨克。
喇嘛达尔札尽擒达瓦齐眷属及部众囚禁于伊犁，又派兵3万往哈萨克擒拿达瓦齐和阿睦尔撒纳。达瓦齐和阿睦尔撒纳逃出哈萨克，潜回原牧地塔尔巴哈台（今新疆塔城），收集部众千余人，昼伏夜行，于乾隆十七年（1752年）十一月二十七日突入伊犁，杀死喇嘛达尔札，达瓦齐登上了汗位。
绰罗斯·达瓦齐
达瓦齐无能，嗜酒好杀，渐失人心。小策凌敦多布之孙纳默库济尔噶尔在达瓦齐自立之后，首先归降，但不久就在部分准噶尔部宰桑的支持下，与达瓦齐兵戎相争。他们相互攻伐，同时向各部征兵，各部宰桑穷于应付，无所适从。杜尔伯特部台吉车凌、车凌乌巴什、车凌孟克不满于达瓦齐的统治，乃“集族谋曰：依准噶尔，非计也，不如依天朝，为永聚计”。乾隆十八年（1753年）十月二十一日，三车凌率领所部3177户，计1万余人，离开长期居住的额尔齐斯河原牧地，投归清朝。
达瓦齐和阿睦尔撒纳的联盟，是在反对喇嘛达尔札的基础上建立起来的，当共同的敌人被推翻之后，由于各自利益的驱使，他们之间的矛盾就渐渐暴露出来了。达瓦齐自立之后，阿睦尔撤纳返回旧牧地塔尔巴哈台雅尔地方，管辖5个游牧，防守准噶尔北境。他凭恃拥立之功，暗中扩充势力。乾隆十八年（1753年）十月，阿睦尔撒纳提出与达瓦齐南北分辖准噶尔的要求，遭到达瓦齐的拒绝。于是，阿睦尔撒纳就与班珠尔等抢掠了伊犁北部的鄂毕特鄂托克。从十一月起，达瓦齐派兵攻打阿睦尔撤纳，但屡屡败北。
次年六月，达瓦齐命台吉沙克都尔曼济等率兵3万名，玛木特率乌梁海兵8000名，东西夹攻阿睦尔撒纳。阿睦尔撤纳和纳默库等率千人在额尔齐斯夔博和硕固守，因众寡不敌，遂率众向内地转移，投奔清朝。
准噶尔由于连年内乱不已，生产力遭受极大破坏，人民生活穷困已极，达瓦齐自立之后，更是众叛亲离，人心离散。三车凌等率部属内迁归附，既显示了包括贵族在内的广大厄鲁特人民对准噶尔统治集团的不满，也反映出他们要求结束内乱，实现统一安定的强烈愿望。
第一次远征准噶尔
早在乾隆十九年（1754年）五月，乾隆帝即谕军机大臣等：“所有明岁军兴一应粮饷、兵丁、马驼，均应豫为筹画。”此后，有关方面积极地进行各种准备，如调拨兵丁、购买马驼、贮运粮秣、勘察进军路线、安设台站等，甚至制作了大批生津止渴的“果单”，以备穿越沙漠时解渴之用。此外，他还重视战前的思想动员和舆论准备。
当时，满族王大臣在对准噶尔用兵一事上畏怯退缩，为振奋满族王大臣和八旗兵的战斗精神，他于十月十三日召见各王大臣，宣示办理平定准噶尔事宜，阐明了进军伊犁的重要意义，对“惟守妻孥以求安逸，闻战阵而甘退缩”的习气提出了严厉的批评，勉励他们要“奋励踊跃从事”，并坚定地表示，“朕总理天下诸务，惟据理独断，应办之事，断不为众所阻挠；如其不可，众虽强为奏请，朕亦断不允行。是皆尔等所共知者。此用兵要务，朕筹之已审，岂以众人怯懦，即失机宜，半途而废！”
为了配合军事进剿，乾隆帝于十一月又下诏宣谕准噶尔部，从政治上揭露达瓦齐的分裂罪行，号召各部首领脱离达瓦齐，归附清朝，指出：“先来者先受朕恩，后来者后蒙朕惠，即使达瓦齐痛改前非，输诚投顺，朕亦一体封爵，不令失所”，如“仍怀观望或敢抗拒者，大兵所至，必尽歼除。尔等其详求朕谕，熟思利害，善自裁择，勿遗尔悔。”
爱新觉罗·弘历
十二月，乾隆帝决定发兵5万，于明年二月分北、西两路出击：以班第为定北将军，阿睦尔撒纳为定边左副将军，亲王固伦额附色布腾巴尔珠尔、亲王衔琳沁、郡王讷默库、郡王衔青滚杂卜、内大臣玛木特、将军阿兰泰、尚书达尔党阿等为参赞大臣，官兵2.5万人，马7万匹，由乌里雅苏台出发，越阿尔泰山向西南推进；西路以永常为定西将军，萨喇尔为定边右副将军，亲王额琳沁多尔济、贝子扎拉丰阿、总督鄂容安等为参赞大臣，三车凌均为参赞大臣率所部兵以从，官兵2.5万人，马7万匹，自巴里坤西进。
两路大军各携两月粮，约期会于博罗塔拉河（伊犁东北300里），会师后直捣伊犁。由于准噶尔内乱不止，人心思治，迫切要求摆脱达瓦齐的专横统治，又受阿睦尔撒纳、萨喇尔的影响，故清军所到之处，准噶尔各部皆望风迎降，“各部落大者数千户，小者数百户，无不携酒牵羊以降，兵行数千里，无一人敢抗者”。清军进展异常顺利。
班第与阿睦尔撒纳于西喇托辉会合后，率部经额尔德里克、察罕呼济尔等地，向额米尔（额敏）进军。四月中旬，西、北两路清军均进至博罗塔拉河（今博尔塔拉河）地区，因侦知达瓦齐已往察卜齐雅勒地方，遂不待两路会合，班第、阿睦尔撒纳和萨喇尔分率所部，轻骑前往。
二十七日，萨喇尔兵至登努勒台，班第、阿睦尔撒纳等于次日进抵尼楚滚，两地相距仅20里。这时，达瓦齐已退往格登山。班第、阿睦尔撒纳和萨喇尔商定，三十日两路大军同时挥师南下。“汉、蒙军队到达伊犁时，准噶尔人便跟一些首领一起向他们投诚”，清军兵不血刃地占领了伊型。
五月初五至初七日，阿睦尔撤纳和萨喇尔分率清军抢渡伊犁河。北路军由固勒扎渡口越推墨尔里克岭，西路军由喀塔克渡口越扣们岭，两路并进，进逼格登山。格登山位于伊犁西南、特克斯河北岸。“达瓦齐拥众万人，后负格登山崖，前临泥淖，驻营固守”，但是，达瓦齐部“军械不整，马力亦疲，各处可调之兵已收括无遗。现在众心离散，愿降者多”。
五月十四日，两路清军逼近格登山，占据形胜之地，严阵以待，并示以欲掠准噶尔游牧以诱敌。当日夜，阿睦尔撒纳派翼领喀喇巴图鲁阿玉锡、厄鲁特章京巴图济尔噶尔等率领22名士兵，前往达瓦齐大营侦察。
阿玉锡乘敌松懈不备，突袭达瓦齐大营。准噶尔军惊溃奔窜，自相践踏。达瓦齐从睡梦中惊醒，不知虚实，率2000余人仓皇逃走。次日晨，阿玉锡清点投降者，计4000余人。达瓦齐率残部翻越天山南逃，清军一面分道南追，一面向阿克苏、乌什等地发出檄文，令当地维吾尔等族人民协助清军擒拿达瓦齐。乌什维吾尔族领袖霍集斯旧日虽与达瓦齐友善，但接到清军檄文后，即率众于各隘口设卡防堵。达瓦齐到达乌什附近时，仅剩百余骑。霍集斯伏兵林内，遣人牵羊载酒往迎达瓦齐入城，待其酒醉后将其缚之，执献清军。至此，达瓦齐割据势力被彻底平定。
平定准噶尔示意图
战后，乾隆帝谕令班第等将清军陆续撤回。班第等遵旨留兵500驻守伊犁，将其余各部先后撤回内地。乾隆帝对作战有功的将领论功行赏，阿睦尔撒纳赏亲王双俸，班第、萨喇尔晋封为一等公，惟永常因筹办军需不称旨，未膺封赏。达瓦齐被押送北京后，乾隆帝赦免其罪，封为亲王，住在北京，受到清廷的优待。
第二次平定准噶尔
乾隆帝认为，一个统一而强大的准噶尔，对清王朝是一巨大的威胁。所以，早在乾隆十九年（1754年），他就决定，俟平定准噶尔之后，采取“众建以分其势”的方针。
次年正月，他对此方针又有所阐释：“将四卫拉特封为四汗，俾各管其属。”具体说来，即以车凌为杜尔伯特汗，阿睦尔撒纳为辉特汗，班珠尔为和硕特汗，噶尔藏多尔济为绰罗斯汗，四部俱依照喀尔喀蒙古设立盟旗，令四汗兼管。其目的是使四部相互制约，分而治之，以防准喝尔分裂割据势力破坏国家的统一和安定。
但阿睦尔撒纳却把这次出兵作为自己“专制西域”的良机，进入伊犁后，他以准噶尔部挥台吉自居，使用珲台吉菊形篆印，行文各部，并授意部属，代其请命，统辖四部。
乾隆帝察知其意，令其入觐，以便处置。阿睦尔撒纳故意缓行，至乌隆古河后乘间逸去，潜奔伊犁。此时，清军已回师，伊犁仅有将军班第、参赞鄂容安率兵500办理善后。在阿睦尔撒纳煽动下，各部上层“喇嘛、宰桑蜂起应之”。班第、鄂容安被围自杀，刚刚平定的天山北路又陷入战乱之中。
乾隆二十一年（1756年）二月，清军再次兵分两路，攻入天山北路。三月，清军进入伊犁，阿睦尔撒纳逃奔哈萨克中帐，清军追捕未获，于入冬前收兵。这次进军，清朝总结前次教训，令大军步步为营，渐次进剿，同时，陆续在哈密、巴里坤、乌鲁木齐地区开设屯田，就地生产军粮。是年秋冬，阿睦尔撒纳从哈萨克潜回，再次组织部众反清。
乾隆二十二年（1757年）初，清军进剿，此时，准噶尔部众中天花流行，死者甚多，已无力抵抗清军，阿睦尔撒纳只好再投哈萨克中帐。七月，清军进至爱呼斯河（今阿亚古斯河），与哈萨克中帐汗阿布赉相会，阿布赉愿率部臣服，派头目奉表进贡，并遣人捉拿阿睦尔撒纳。消息走漏，阿睦尔撒纳率8人连夜逃往俄国谢米巴拉丁斯克要塞，俄国地方当局先将他送到亚梅舍沃要塞，接着又转送到托博尔斯克。
沙俄政府先是捏造谎言，掩盖其容留阿睦尔撒纳的真相。乾隆二十二年（1757年）八月二十日（俄历9月21日），阿睦尔撒纳因患天花病死，沙俄政府仍对清政府封锁消息，在清政府的一再交涉之下，才于次年正月初七日正式通报阿睦尔撒纳的死讯，并请中方派人至边境验尸。
清政府派亲王齐巴克雅喇木丕勒和侍郎三泰前往恰克图验尸，确认阿睦尔撒纳已死无疑，乾隆帝认为“准噶尔全局自可以告厥成功”。至此，阿睦尔撒纳的叛乱基本平定。
阿睦尔撒纳的败死，标志着准噶尔分裂割据势力的失败和平叛战争的胜利结束。乾隆朝平定准噶尔叛乱的战争，是康熙、雍正两朝对准噶尔战争的延续，动用了大量的人力、物力，代价是巨大的。
平定准噶尔的得失
1、取胜原因
平叛战争之所以取得胜利，原因是多方面的，主要的有：
首先，是战争的正义性，得道多助。
我国是一个由众多民族组成的统一国家。坚持统一，反对分裂，是历史的大趋势，也是各族人民的共同愿望。准噶尔部上层贵族为了一己的私利，搞分裂割据，挑起战乱，甚至与外国侵略势力相勾结，是不得人心的。清政府进行平叛战争，符合包括厄鲁特蒙古在内的各族人民的根本利益和愿望，因而受到他们的欢迎和支持。
其次，经济发展，国力雄厚。
对准噶尔战争之所以进行了数十年之久，与清政府的经济状况密切相关。康熙、雍正两朝，虽然取得了乌兰布通之战、昭莫多之战和额尔德尼昭之战等数次作战的胜利，给准噶尔贵族以沉重打击，但也只能阻遏其入侵，而不能从根本上解决问题，一个重要原因就是当时的经济实力还不够强大。到了乾隆朝，由于经济的发展，为平叛战争提供了物质保证，使清朝政府能够无后顾之忧地投入极大的兵力和财力，两次深入准噶尔地区作战，彻底铲除了准噶尔割据势力。
第三，因情用兵，策略得当。
爱新觉罗·玄烨
前期对准噶尔战争，康熙帝根据准噶尔地处荒漠、辽阔遥远，“我师往则我劳，贼师来则贼困”的客观情况，确定了“严兵诱致邀击”的方略。康熙、雍正两朝，遵照这一方略，曾多次予敌以重创。后期平叛战争，乾隆帝则根据当时清朝社会安定、生产发展、实力大增和准噶尔内乱不已、众叛亲离、纷纷归附清朝的现实，把握住历史的机遇，制定了以武力平定准噶尔的总方针，以及长驱直入、直捣伊犁的用兵方略，一举取得平准战争的决定性胜利。
第四，认真周密的战争准备。
对准噶尔部的战争，主要在北部和西部边疆地区，由于地域辽阔，人烟稀少，多高山、沙漠、荒原，气候严寒多变，交通不便，后勤补给极为困难。因此，清廷极为重视战争的准备工作，认为这是取得战争胜利的重要条件，每战都有针对性地进行周密细致的战前准备。在这方面，康熙帝尤为突出，他通过各种办法，征集马匹，调运物资，储备粮饷，安设驿站，从而保证了战争的顺利进行。
乾隆帝对战前准备工作也是重视的，并做了大量的工作。特别是平定阿睦尔撒纳叛乱时，他汲取平定达瓦齐战争的教训，一再强调调运军粮的重要性，他说：“军营粮饷，关系紧要，理应加意办理。”又说：“军营进剿官兵，所需口粮，甚关紧要。”他调派高级官员承办此事，从陕甘向巴里坤运送了大量粮食。军队边前进边留驻绿营兵丁屯垦，并招募维吾尔农民垦荒种地，对解决军粮也起了一定作用。这也是平叛战争能够取得最终胜利的重要原因。
2、存在失误
乾隆帝对平叛战争的指导，固然有许多成功之处，但也有不少重大失误。如平定达瓦齐时，乾隆帝对战争前景过于乐观，认为通过“因粮于敌”在敌境筹粮的办法就可以解决清军的粮饷供给，忽视了粮食的筹集和向前线输送，结果清军在进军途中就已出现粮秣不足的情况，到了伊犁也无粮可筹：“伊犁河北，从前原有存贮米粮缎匹等物，上年为哈萨克抢掠，所余马匹牲畜，俱经达瓦齐携往特克斯地方。厄鲁特、回人等，生计艰难，不足以供应大兵口粮。”
由于缺粮，清军被迫从伊犁撤军，留驻的500名清军根本无法应付突发事件，以至阿睦尔撒纳叛乱以后，形势急剧恶化。又如，利用招抚，分化瓦解敌人，本来是清军在对准战争中的一条成功经验，在第一次进军伊犁时，乾隆帝充分利用阿睦尔撒纳在准噶尔部的影响，让其率领旧部先行，进军异常顺利。
但在第二次进军伊犁中，他却改变了分化敌人的策略，乾隆二十一年（1756年）冬，由于辉特汗巴雅尔等人叛乱和巴里坤办事大臣和起被害，乾隆帝降旨严行惩治：“厄鲁特等似此辜恩背叛，必应尽行剿灭。”甚至对尚无叛迹的和硕特汗沙克都尔曼济，也密谕雅尔哈善：“倘稍有可疑，亦当乘其不备，先行剿灭。”这样，一方面造成了滥杀无辜的错误，一方面把许多处于中间状态的群众推到了叛军营垒，增加了平叛的困难。
经乾隆帝的两次用兵，准噶尔部被彻底平定，天山北路统一于祖国。乾隆帝的两次用兵，对准噶尔部采取了不同的政策。前次出兵，以抚为主。后次进军，因准噶尔部降而复叛，则以剿为主，甚至诛杀降人，加之天花流行，准噶尔部人口受到很大损失。
