大明年间，明朝皇帝为了加强中央集权，秘密管理、调查、敲打臣子，而在管理大明法律的部门“三司”之外，设立了一个执行庭特殊任务的捕快部门——六扇门。
“三司”指的是刑部、大理寺、督察院。是受理、处理案件的国家机关，相当于现如今的公检法。
六扇门的工作职能于三司大体相同，都是以维护大明律法为核心。不同的是，六扇门有秘密逮捕、秘密审理、秘密处死的特权，其性质相当于当年的中统局。
六扇门，起源可追溯的隋唐时期，按照传说，唐贞观年间，各地还有很多隋末农民起义的残余势力，当然还有很多所谓的绿林好汉。对付这些人，普通的捕快衙役有些力不从心。所以朝廷开始设置专门的机构，训练一批本领超强的青少年，也就成了“六扇门”。而其原名叫做“三法司衙门”，只是因其衙门出口的特殊构造，而被民间百姓称之为“六扇门”。
明朝时期的官府、衙门的建筑构造非常有讲究。衙门的出口必须面向南方，《增广贤文》中有言：“八字衙门向南开，有理无钱莫进来”。
南方象征着“称臣”，东方则象征“主道”，所以古代的皇宫大多数都是门口向东的，而古代的官府、衙门的门口，则必须向南，表示向皇帝称臣的忠心。
六扇门的门口向南，门口耸立着一扇大门，这扇大门并不是我们主观意识上认为的门，而是一间“门形状的房子”，这个房子的深进是三间开，每一间有两扇漆黑、厚重的门扇，一共六扇，“六扇门”这个名字便由此得来。
“六扇门”是古代衙门的最高规格，普通的衙门只有两扇门，州府衙门四扇，只有中央等级的衙门才有资格配被“六扇”。
在明朝，有资格配备“六个门扇”的只有三法司衙门，也就是六扇门。而清朝则只有“九门提督”所管理的“步军统领衙门”有资格，足见“六扇门”的权利以及地位非同寻常。
最初建立“六扇门”，算是一个秘密训练基地。许多有能力的人被送进去训练，被称为“鹰犬”。训练完成后，他们就负责处理和绿林道上的事情。到了明朝中后期以后，这个组织发展地更加完善，其中包括密探、捕快和杀手的一个组织，里面的人都是高手。
所以“六扇门”中的捕快和一般衙门的捕快大为不同，因为六扇门所执行的任务极其特殊，所以“六扇门”中的捕快大多由武功高强的大内侍卫和武林高手组成。每位捕快配发一个特制的腰牌，在“六扇门”的捕快执行公务期间，只要亮出腰牌，各省市的衙门都要配合“六扇门”的捕快办理案件。
“六扇门”主要受理一些大案要案，比如调查谋反、歼灭邪教组织、捉拿朝廷命官、执行江湖大案等等，“六扇门”由朝廷直接指挥，除中央之外，其他地方官无权命令“六扇门”。
这些人处理一些官方不好出面的问题，因为他们的特殊性，既要受国家法度的制约，又要熟知江湖规矩，和江湖上各大势力都能说得上话。正是因为他们的这两种角色的转换，使得他们增加了更多神秘性。
比如“六扇门”还有一个特殊职能，就是“卧底”，江湖中的“盐帮”、“马帮”、“水路灞子”等等大型帮会，都有“六扇门”的捕快在其中卧底。一旦这些帮派有谋反朝廷的动向，“六扇门”有权利将其直接歼灭，所以明朝时期的各大江湖门派，纷纷闻其色变。
由于“六扇门”的手段凶狠，行动诡异，权利巨大，几乎无所不在，所以时间一久，“六扇门”几乎成了江湖中无人不知无人不晓的强大势力。
六扇门之所以这么出名，是因为背后的朝廷扶植和支持。因为有些事情，按照法规来说，根本没法处理。但是如果一直不处理，时间长了对朝廷的法度威严又造成了伤害，所以六扇门自有他存在的意义。这些人通常只接手，江湖恩怨斗争以及官府长时间通缉的要犯。
他们代表衙门，对于朝廷暂时统治不到的“江湖”，进行暂时性的统治。因为背靠朝廷，所以他们在江湖上有极大的权势。但是也被其他没有投靠朝廷的江湖豪杰所不齿。“朝廷鹰犬”就是赠送给他们的外号，凸显出江湖人对他们的轻视，以及轻视背后的忌惮。
万历年间，明神宗推行“一条鞭”的恐怖政策，民间的反抗声不绝于耳，六扇门作为反恐反暴的司法组织，多次暗中镇压民间的小规模起义，被神宗大为赞赏。
崇祯年间，六扇门在“魏忠贤”一案中表现出色，而被崇祯皇帝嘉奖。
明朝灭亡后，“六扇门”这个神秘的司法组织也随之消失，成为了一个江湖传说。
