什么是基因二代测序? 第二代测序为2113高通量测序,采用5261微珠或高密度芯片边合成边测序,代4102表有454,solexa,solid,高通1653量,可一次获得数G数据,相对与第三代,都仍然需要扩增的方法放大信号,扩增后再检测。第二代测序技术的核心思想是边合成边测序(Sequencing by Synthesis),即通过捕捉新合成的末端的标记来确定DNA的序列,现有的技术平台主要包括Roche/454 FLX、Illumina/Solexa Genome Analyzer和Applied Biosystems SOLID system。第一代测序技术的主要特点是测序读长可达1000bp,准确性高达99.999%,但其测序成本高,通量低等方面的缺点,严重影响了其真正大规模的应用。因而第一代测序技术并不是最理想的测序方法。经过不断的技术开发和改进,以Roche公司的454技术、illumina公司的Solexa,Hiseq技术和ABI公司的Solid技术为标记的第二代测序技术诞生了。第二代测序技术大大降低了测序成本的同时,还大幅提高了测序速度,并且保持了高准确性,以前完成一个人类基因组的测序需要3年时间,而使用二代测序技术则仅仅需要1周,但在序列读长方面比起第一代测序技术则要短很多。拓展资料:1)测序文库的构建(Library Construction)首先准备基因组(虽然测序公司要求。在诺奖得主的实验室里工作是种怎样的体验? 近年来,每年十月由诺贝尔奖评选和颁授引起的学界讨论中,都少不了华人科学家的参与。2019年10月7日,发…基因文库构建的过程、原理及方法 1 cDNA 文库的构建1.1 cDNA 文库构建的基本原理与方法cDNA 文库是指某生物某发育时期所转录的全部 mRNA 经反转录形成的 cDNA 片段与某种载体连接而形成的克隆的集合。经典 cDNA 文库构建的基本原理是用 Oligo(dT)作逆转录引物,或者用随机引物,给所合成的 cDNA 加上适当的连接接头,连接到适当的载体中获得文库。其基本步骤包括:RNA 的提取(例如异硫氰酸胍法,盐酸胍—有机溶剂法,热酚法等等,提取方法的选择主要根据不同的样品而定),要构建一个高质量的 cDNA 文库,获得高质量的 mRNA 是至关重要的,所以处理 mRNA 样品时必须仔细小心。由于 RNA 酶存在所有的生物中,并且能抵抗诸如煮沸这样的物理环境,因此建立一个无 RNA 酶的环境对于制备优质 RNA 很重要。在获得高质量的 mRNA 后,用反转录酶 Oligo(dT)引导下合成 cDNA 第1链,cDNA 第2链的合成(用 RNA 酶 H 和大肠杆菌 DNA 聚合酶 I,同时包括使用 T4 噬菌体多核苷酸酶和大肠杆菌 DNA 连接酶进行的修复反应),合成接头的加入、将双链 DNA 克隆到载体中去、分析 cDNA 插入片断,扩增 cDNA 文库、对建立的 cDNA 文库进行鉴定。这里强调的是对载体的选择,常规用的是 λ 噬菌体,这是因为 λ DNA 两端具有。已知致病基因 多少是中国人发现的 LRP5基因突变与FEVR发病关系及其对hREC转录组影响目的对家族性渗出性玻璃体视网膜病变(FEVR)的两个家系行临床表型分析和DNA测序,寻找致病基因的可能新突变位点。并进一步观察低密度脂蛋白受体相关蛋白-5基因(LRP5)表达抑制后人视网膜血管内皮细胞(hREC)转录组变化,初步探讨其影响血管生成的可能机制。方法1.收集两个FEVR家系的临床资料并提取DNA,行FEVR四个已知致病基因(LRP5、FZD4、NDP和TSPAN12)的外显子和相邻内含子区的Sanger测序,并构建相应LRP5突变质粒行荧光素酶活性实验,观察其对Norrin/β-catenin信号途径的影响,以判断突变的致病性。2.siRNA技术抑制hRECLRP5表达后,行转录组表达谱分析,筛选出差异显著的基因,并行GO和KEGGPathway分析。结果1.在两个FEVR家系中各发现了LRP5基因上的一个未报道过的杂合突变:p.A422T和p.L540P,这两个突变在各自的家系中与表型共分离,荧光素酶活性实验提示具有致病性。两个先证者还另外各有一个LRP5基因的杂合突变,先证者一的p.Q816P(来自于无疾病的母亲)和先证者二的新突变p.T852M(父母双方均无),荧光素酶活性实验提示p.Q816P可能无致病性,而p.T852M可能具有致病性。先证者的眼部表现均较患病的亲代重,可能与联合突变有关。。
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