左宗棠进军陕甘前认为， "剿捻宜急，剿H宜缓，"及在东线剿灭捻军后，再集大军剿灭雄据董志原的陕西十八大营（二十余万人）.
当时的陕甘，有西捻军张宗禹部，有雄踞董志塬的陕西十八大营，有董福祥的20余万汉族流民集团。
按照左宗棠的军事部署"剿捻宜急，剿h宜缓"，先剿灭东线的捻军，然后再收拾十八大营，最后才是董福祥。
董福祥的试图入晋，引起了清廷的高度警惕。
历史上的农民起义，由陕北渡河入晋进入中原者，远有李自成，近有西捻军。
所以左宗棠改变策略，决定首先解决盘踞在甘肃东北部的董福祥。
"董、高等则本事转掠，其纷窜在意中。
全局必须从东北入手，先平土匪"。
左宗棠为一举覆灭董福祥部，先后调金顺部驻榆林、知州成定康驻绥德、刘厚基驻延安、 郭运昌驻廷长。
这样，陕北一带已被清军围得严严实实，可谨慎从战的左宗棠又另调张曜部渡黄河增援榆林，刘松山部入绥德，并以他为北路军总指挥.
董福祥部现在正是势头最盛的阶段，拥有部众20余万。
而且在根据地基本上做到了："丰衣足食，武器军火自有"。
董福祥在陕北期间对于武器粮饷的筹措、地盘的巩固等作过一些有益的尝试，并制定出一些切实可行的办法。
武器的来源：
1，地方上自筹和收缴大户的枪炮；
2，随着势力的壮大，战场缴获大批武器；
3，自建兵工厂制造刀 矛、炸药和土枪、土炮。
4，向金积堡，十八大营，甚至甘省驻防军购买一些。
5，军需供给，由地方按贫富"合理"负担。
对于根据地的巩固，采用按块分防的办法，划归各部.即统一调配，又各自为政：
1，地方民事.由地方人自办，以"兔子不吃窝边草"为信条，到流动地区，则肆行掳掠，运回后方，以作军储。
2，在久踞的根据地辖区内，实行兵农合一制，有事皆兵，无事为农。
3，每陷一处，大都裹胁一空，奉行"一人入伙，全家随营，军心巩固，人人得生"的军事原则。
小理川之战。
同治七年十二月初三日，刘松山部前队从山西永宁，（今离石）渡黄河到了绥德，
后队留三千人助防东岸。
刘松山入陕北，正式揭开了清军围剿董福祥的序幕。
十二月初六日，刘松山抵绥德州城，与绥德防军成定康"商定乘其不备，直捣各贼老巢"，以集中围剿。
时董福祥在大、小理川沿线布有重兵，准备阻击清军。
但刘松山没有全线出击，而是采用集中突破、重点进攻、直插其心脏的战术，由绥德直攻大，小理川，大，小堡寨百十处被清军攻破，接连失利于南岔沟、小里沟，玉梯山、瓦窑堡、胡家山。
董部窜走。
初八日，刘松山率部由岔把沟自北而南，成定康由绥德西七十里大理川自南而北，会师夹击。
董福祥的主要堡寨在小理川之南、大理川之北纵横二十余里的地带上。
刘松山派提督易德麟、苏松镇，总兵章合才并马队前营、右营，先攻大理川西绩家湾一帯，自率中军及马队中营、后营由右路进，命提督萧章开率右营由左进，直攻小理川一带堡寨，双方展开激战，董福祥部抵御失利，弃寨退兵。
清军乘胜追击，小理川、店子寺一带堡寨全被清军攻克。
同时，周家峻、三眼泉、刘家洋、绩家湾等数十处堡寨亦被清军攻破。
此役董福祥部战死五六千人，三千余被俘，二万余人逃散，失骡马三千余匹。
董福祥在大、小理川的堡寨几尽被清军荡平。
隆腰镇、邱家坪、黑牛川之战。
董福祥经营的根据地外围堡寨大、小理川被清军攻破后，虽损伤严重，但还未伤元气。
刘松山认为董福祥部"党伙尚众，由榆林至靖边，贼巢林立。"
清军粮食不继，大量宰杀由大、小理川所获骡马充饥，并于十二月十四日夜继续向西北方向追剿，用降卒以为向导。
董福祥部李双良、高万全亦向西北方向而去，与清军仅隔胡家山。
刘松山命易德麟、萧章开先行，自率各营续进。
李、高在小李庄与清军接仗，不利，遂向小李庄北四十里铺处的隆腰镇靠拢。
隆腰镇，是董福祥大本营镇靖堡的外围。
镇西北为黑牛川、邱家坪。
"隆腰镇、黑牛川、邱家坪三处堡垒鼎峙，为镇靖堡门户。
十四日夜四鼓清军疾进，十五日辰刻抵隆腰镇。
隆腰镇守军已乘夜弃镇归并黑牛川、邱家坪两堡寨。
刘松山兵分两路围剿黑牛川、邱家坪两寨。
亲率易德麟先往邱家坪，命章合才、萧章开迟半时后直往黑牛川。
刘松山行三十里后，董福祥部列阵迎战"西山之贼林立。"
卽易德麟分其队为左右两路攀跻而上，包剿西山。
刘松山率中军分前后攻堡寨，清军里外进攻，大炮猛轰，洋枪如雨般倾泻过去，董军先乱阵脚， 清军乘势掩击，双方交战地带拉长至八里许，十余处堡寨被攻破。
黑牛川、马营湾一带的堡 ,寨亦被萧章开、章合才部攻克。
邱家坪，黑牛川两处的董军合二为一，并归一路，向大本营镇靖堡退去。
董福祥失去了第二道防线，镇靖堡失去了屏障，暴露在清军的包围之下。
在镇靖堡失去邱家坪，黑牛川的前夜，董福祥已率精锐自府谷（今陕西府谷）向东去葭州 （陕西佳县）。
镇靖堡，在陕西靖边县东北八十里，城在山畔，清代有都司驻守。
董福祥占据镇靖堡之后，在加强其周围的防御工事及其布局的同时,大力加固镇靖堡本身的防御。
"镇靖堡极为坚固，董福祥恃为巢穴。其眷属则窃踞靖边县城。"
镇靖堡一但失去，靖边县城也不能自保。
十二月十八日，清军刘松山率马步直逼镇靖堡,董福祥之父董世猷"率众归诚。"
刘松山命董世猷将镇靖堡及其靖边县城所有民众造册呈核。
之后，董世猷向刘松山称诉："各股徒众叠蒙截剿，其畏诛者，或向榆林、米脂一带，或向延长窜逸。董福祥随身三四千人，未知窜向何处。已谴人前去唤回，禀恳宽限数日。"
刘松山遂驻军镇靖堡。
其实，董福祥带去的并非三四千人。
据刘典《刘果敏公奏议》看，董福祥父率众投诚，属缓冲之计。
董福祥率部东往榆林，米脂一带，并非"畏诛"，而是准备东渡的。
至于李双良部往洛珠川，也是对清军围剿目标分散吸引的一种策略。
但李双良部与已突入定边界高家湾的川西路H军，均遭到刘松山的阻击。
之后，李双良、高万全率余部南走距延安五十余里的人和寨，又遭到延安清军守将刘厚击、刑部主事周瑞松部的截击，李双良向清军投诚。
当清军向陕北包抄围剿时，董福祥的根据地靖边往东至榆林一线是畅通的，镇靖堡虽被清军攻占.但东去的路暂未被堵死。
董福祥的东渡意图，左宗棠、刘松山已经顾及到了。
刘松山由入陕后，山西方面在黄河沿线布有重兵，刘松山本人也留兵防守。
同时，清军在榆林以西节节搜剿，目的是吸引董福祥由东向西回顾，"河防之严自解。
刘松山进入陕北，对董福祥部及清军在陕北的形势作过分析，并禀报左宗棠。
就害怕两军合流东渡。
从粮饷情况看，"汾州一带素产大米，有粮可因，冰桥既成.由晋赴秦如履平地。"
清军围剿陕甘，粮食多在晋省购运，所以要把住黄河渡口。
从陕北当时形势看"自延长、延川、清涧、绥德所剿者甘肃土匪董、高等逆，以掠食为事，无室家妻子之恋，其乘冰桥过晋本在意中。
左宗棠也认为清军进攻黑牛川、镇靖堡一带，直逼董福祥靖边老巢，"该逆必亟图回救,不但榆边内外可肃清，而官军易客为主，全股可期扫灭。"
左宗棠在给清廷的奏折中说："董逆闻大军深入，必急于回救。榆边内外自可解严。"
其实，左、刘都估计错了。
董福祥不但未亟图回救，而且继续向东迂回。
而使左宗棠感到幸慰的是"春令渐深，河水待泮， 晋城或可无虞，其于大局实有裨益。"
他实在是耽心董福祥进入山西，故盼冰消河开。
同治七年十二月四日，清军记名提督张曜命总兵官王连三、 游击王明泰、提督杨春祥、副将徐效孟乘夜二鼓由河曲履冰过河入陕北。
董福祥正在榆林一带，清军出奇不备，先攻法寺、湖湾，后又在古城子展开激战。
初六、初八等日，清军杨春祥部又在石界子各处与董部骑兵相遇。
张曜令王连三等进驻五拉合苏，自率部渡河会剿。
十三日，副都统金顺、延绥镇总兵刘厚基由十里长滩会剿，董军失利，清军紧追,在台阳川二库地方，清军各路齐集，董福祥接连受挫。
清军张曜部突然渡河进入榆林，对董福祥是一个很大的打击，兵员伤亡严重。
当董福祥由府谷、神木进入葭州时，清军成定康已率部回州。
十二月十九日，成家康部进至王家塀时，董福祥部进至开花寺、刘家坞等处，"已逼近黄河。
成定康心急如焚，即令陈瑞芝、龙锡庆督率各部冒雪疾追。
初更时清军抵棘针店，距董福祥部三十余里。
二十日，董福祥部断后部队陆续与清军接火。
及清军追及刘家坞，董福祥部分踞左右山坡，严阵以待。
清军陈瑞芝率喻先恕、戴光明由右路，成光熙率李长乐等由左路，龙锡庆率成荣华等由中路策应，三路进攻，双方战斗异常激烈。
董部"死拒"，'喊声震山谷"，与清军中路相持时，遭到左路的袭击，与此同时，中西两路乘势冲突，董部退至刘家下坞。
由于逼近黄河沿线，清军穷追不舍，董福祥继续向西北方向撤退，但大势已去，屡遭清军堵击。
清军前后围剿，渡河终未成功。
董福祥面临两种选择：要么拼死一战，要么投降清军。
董福祥同乡张俊劝董：."我辈练团为贼所迫耳，遭逢岁旱，流落 至此杀贼，谓何又因以扰民，后世其谁能谅之。"
刘松山也遣其幕客长安柏子俊先生往董福祥处晓以利害，力劝其投诚。
同治七年十二月二十四（1869年2月5日）日，董福祥终于投清，包括其部张俊、李双良部约十万人投降清军。
《左宗棠年谱》所载同此， "归降者逾十万。"
董福祥降清后，先留头领及精壮者选拔成营， 按湘军编制，归董福祥统领，号董字三营。
授董福祥五品军功。
同时，刘松山还从降众中挑选千余人作其勇夫，三千人作运夫。
按湘军编制，董福祥之营，再加勇夫和运夫，合计起来，董福祥十余万降众里，一次性挑选成军者六千余人。
在收编董部过程中，刘松山发现哥老会势力在董军中势力强大。
左宗棠一方面指示处置，一方面又指出：
"盖如人身正气不足，邪气乘虚辄入，险症蜂起，变幻无端。一旦真气内充，所患悉归乌有也。
邪崇妖怪不能逞于青天白日之时，亦同此理。此时主兵之人，惟有努力自修，正已以为正人之本。"
这番话说的大而无当，根本无助于解决军中的帮派会党问题，如此一来，董军中的西部哥老会与湘军中原先就存在的南派哥老会组织沆瀣一气，由是在湘军中发展壮大起来。
在左宗棠意识到帮派会党的危害之后，想解决已经来不及了，肃州平复之后，军中哥老会众引发营啸，总兵高连升竟然被杀。
哥老会随着刘锦棠进入新疆，与当地会党合流，在清末趁辛亥革命的乱局，在新疆配合革命党发起了南疆"戕官运动"，深刻影响了当时新疆的局势，后在1919年才被杨增新镇压下去。
董福祥部其余部属及家眷等均安插在瓦窑堡、老君殿、周家峻等处，耕垦荒地。
中国近代史上赫赫有名的甘军，由此发端。
