在古代一些巫术祭祀活动时，曾经有过使用人骨做成器皿祭祀的记载，在奴隶社会也有过类似的记载。而秦汉之后因为骨质器皿太过野蛮残暴，这种残忍的现象渐渐被杜绝。而在之后历史上曾经出现过几次将人骨之称器皿的实例，例如南北朝时期北齐开国皇帝酒醉发疯之后将自己的爱妃薛嫔砍头，当着满朝文武的面将薛嫔的髀骨做成了人骨琵琶弹奏，朝臣都是战战兢兢。
而南宋的皇帝宋理宗的头骨也被人做成了人骨器皿，而且比薛嫔还要凄惨很多—宋理宗的头骨竟然被元人做成了酒杯。宋理宗赵昀是南宋的第五位皇帝，但是他却不是正常登基为皇帝的。1224年宋宁宗驾崩，朝廷权臣史弥远废掉了太子赵竑，改立当时19岁的赵昀为皇帝，也就是宋理宗。弱小且没有根基的赵昀根本不是权臣的对手，赵昀只能在史弥远的掌控下做一个傀儡皇帝。
赵昀的傀儡皇帝一直当到1233年，史弥远去世之后赵昀才成为了有名有实的皇帝。赵昀掌权之后不久，南宋朝中就出现了一种声音，朝臣们都认为现在可以联合兴起的蒙古游牧民族的势力共同剿灭金朝以告抚宋徽宗宋钦宗的在天之灵。于是赵昀便做主联合蒙古人攻打金人，1234年金朝金哀宗自杀，金国灭亡。
可是接连灭掉了西夏和金国之后，蒙古人的野心空前膨胀，再加上当时蒙古骑兵的作战能力实在是很强，金国灭亡不过半年南宋就丢掉了整个河南地区，蒙古人也是步步紧逼，孱弱的南宋军队根本无法抵抗。赵昀也为自己的错误决断下了罪己诏，然后便沉溺酒色不理朝政，而蒙古人的势力则越来越大，赵昀去世15年之后南宋就被蒙古人灭国。
到了元朝的统治时期，忽必烈派遣藏传佛教僧人杨琏真伽作江南释教都总统，掌管江南地区的佛教传教工作。1278年杨琏真伽盗挖南宋皇陵，取走了大量的财宝，还在陵墓中发现了浸泡在水银中尸体还没有腐烂的宋理宗遗体。杨琏真伽便将这具尸体暴晒三天，然后按照藏传佛教的习俗将宋理宗的头骨制成了骷髅碗，
当时江南地区的人民感觉受到了奇耻大辱，江南义士唐珏等人想要偷走这个骷髅碗，但是却被杨琏真伽识破。在《南宋杂事诗》有记载：“故宫思见旧冬青，一塔如山塞涕零。领访鱼影香骨案，更从何处哭哭灵。”随后杨琏真伽将这个骷髅碗献给了元世祖忽必烈，元世祖为了彰显元朝地位优于南宋，于是将这个骷髅碗放在宫中把玩，还将其定为皇室传承之物。
百年之后朱元璋率领起义军攻破了元朝大都，在大都的宫殿中朱元璋找到了这个骷髅碗。因为朱元璋出身淮西地区，之后主要的活动范围也在江南，所以知道这个骷髅碗上的故事。1369年朱元璋将骷髅碗葬回了宋理宗的陵墓，绍兴永穆陵，此事在《明太祖实录》中确有记载。随着永穆陵的发掘，考古专家也发现了墓中的骷髅碗，考古人员都感叹宋理宗死后的悲凉，同时也称赞朱元璋的行为。
