嘉靖四十年九月，戚继光率领戚家军一鼓作气，摧毁位于福清牛田等地的倭寇大营，击溃上万倭寇，斩首斩首688级，生擒10人，另有多名倭寇互相践踏而死，戚家军则无一阵亡。
从牛田逃出的倭寇，跑到惠安一带，发现此地无险可守，而且人烟稀少，无处掠夺物资，又返回福清，与盘踞在林墩的倭寇汇合。
这样一来，林墩的倭寇总兵力达到4000余人，而且大部分为较为凶悍的真倭。
林墩毗邻海港，四面环水，有多条水路，地形复杂，易守难攻，从水面进攻需要水师配合，且难度极大。
直达林墩的陆路很多条，大部分为极难通行的山林小路，仅有一条黄石大道相对容易走。
戚继光经过反复研究，决定走黄石大路直到倭寇巢穴。
九月十二日，戚家军经过急行军，来到距离林墩三十里的峰头一带驻扎，并于第二日绕道兴化，给倭寇制造戚家军入城修整，短时间内不会发动攻击的假象。
戚家军的战役欺骗，成功瞒过林墩的倭寇，倭寇虽然防守松懈，但出重金收买附近认识路的百姓，唆使他们给戚家军带路时，走艰险的宁海桥。
戚家军准备利用夜色的掩护，突袭林墩，但不熟悉路径，担心夜里走错，就从当地找向导带路。
可惜的是，戚家军找到的向导，正是被日寇收买的！
这位向导按照倭寇的嘱咐，将戚家军带到仅能供两人并行通过的宁海桥，这里正是倭寇重点防御的地区，大批倭寇聚集于此！
宁海桥的地形，使戚家军的部队施展不开，鸳鸯阵失去作用，每次只有两名士兵能够上前作战，而他们则要面对地形有利的多个倭寇。
经过殊死拼杀，戚家军先后有两哨士兵战死，有数百名士兵害怕了，想要转身撤退，士兵后退，还是戚家军自组建以来的第一次！
在后面督战的戚继光亲手杀死14名后退的士兵，终于稳定住军心。
经过调整部署，戚继光派出一部分士兵转由黄石大道进攻，自己亲率部队，向对面的倭寇冲去。
经过激战，戚家军终于杀开一条血路，夺取了宁海桥，不再受地形限制的戚家军，迅速歼灭当面倭寇。
与此同时，绕道黄石大道的戚家军也已经突破倭寇阵地，攻入黄石镇。
一部分倭寇被赶入海里淹死，有几百人躲入房子里顽抗，被戚家军放火烧死。
林墩之战，戚家军共斩首2023级，俘虏13人，解救被倭寇掳来的百姓2000余人。
这次战斗，戚家军共阵亡哨官周能以下90人，是组建以来伤亡最惨重的一次，这一仗对爱兵如子的戚继光来说，打击很大。
战后戚继光到战场祭奠阵亡将士，伏地大哭，随后大病一场。
此时，戚家军生病和负伤者超过一半，很多士兵思乡情切，不想继续打仗，戚继准备带领部队返回浙江修整。
戚继光的好友，福建副使汪道昆极力挽留戚继光，戚继光道明原委，汪道昆不再坚持。
当时，有传言说一万多倭寇即将进犯福清，戚继光留到十月，发现倭寇无大规模进犯迹象后，与汪道昆告别，返回浙江。
