关于数字后端工程师发展问题？ 什么的，有没有可能逐渐被先进工具取代，使得更加简化？著作权归作者所有，转载请联系作者获得授权。否则，禁止任何方式转载。这个问题，对于刚入行一两年的小朋友，是一个。
我该选择表达谱基因芯片还是功能分类基因芯片？ 为什么不考虑高通量测序做基因表达谱分析呢？高通量测序技术研究表达谱具有高敏感的特性，可以捕捉到很多低表达的基因。1.数字化信号：直接测定每个基因的特异性表达标签。
请教关于韦恩图分析差异表达基因的问题 差异表达基因分析是根据表型协变量（分类变量）鉴定组间差异表达，它属于监督性分类的一种。在鉴定差异表达基因以前，一般需要对表达值实施非特异性过滤（在机器学习框架下属于非监督性分类），因为适当的非特异性过滤可以提高差异表达基因的检出率、甚至是功效。R分析差异表达基因的library有很多，但目前运用最广泛的Bioconductor包是limma。鉴定差异表达基因是表达谱芯片分析pipeline中必须的分析步骤。差异表达基因分析是根据表型协变量（分类变量）鉴定组间差异表达，它属于监督性分类的一种。在鉴定差异表达基因以前，一般需要对表达值实施非特异性过滤（在机器学习框架下属于非监督性分类），因为适当的非特异性过滤可以提高差异表达基因的检出率、甚至是功效。R分析差异表达基因的library有很多，但目前运用最广泛的Bioconductor包是limma。本专题示例依然来自GEO数据库中检索号为GSE11787 的Affymetrix芯片的数据，数据介绍参阅专题一。library(limma)design(~-1+factor(c(1，1，1，2，2，2)))这个是根据芯片试验设计，对表型协变量的水平进行design，比如本例中共有6张芯片，前3张为control对照组，后3张芯片为实验处理组，用1表示对照组，用2表示处理组。。
如何计算三个生物学重复 degseq 差异基因表达量 倍数关系 如何来设定转录组测序中的生物学重复1.区分生物学重复与技术重复生物学重复：指样本重复，比如3只小鼠，同时做一种处理，就是三个生物学重复。技术重复：一般是三次实验，比如对一块组织，提了三次RNA，做三次realtime。2.设置生物学重复的意义由于新一代测序技术的优越性以及高成本，曾一度忽略了“生物学重复”的重要性。但生物学重复对于测序实验的设计以及实验数据的解读和分析都非常重要。设置生物学重复：能够消除组内误差：生物学重复可以测量变异程度增强结果的可靠性：测序的样本数越多，越能够降低背景差异检测离群样本：异常样本的存在，会严重影响测序结果的准确性，通过计算样本间的相关性可以发现异常样本，将其排除。案例一：注：COX4NB和RASGRP1基因在生物学重复样本中表达值的散点图：左边红色，COX4NB基因表达值的散点图右边蓝色，RASGRP1基因达值的散点图上面一行，测序数据的散点图下面一行：芯片数据的散点图COX4NB在生物学重复样本中表达差异非常小；但在同样情况下，RASGRP1的生物学差异很大。结果意味着：不同实验组间COX4NB的表达水平的变化存在研究意义；而同样情况下RASGRP1的检测数据可能不能说明问题。由此可知，设计的实验如果没有。
基因芯片与SNP技术区别
