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参考序列的pdb文件 如何查找基因涉及到的蛋白晶体结构,以及生成文件 (.pdb文件)。例如基因ZNF347。

2020-07-20知识13

怎样根据pdb序列号找目的基因 1.文本打开晶体结构文件,把所有残基一个知一个的拷贝下来,并改成单字母表示,就道ok了。2.在www.pdb.org里,找到你的晶体结构,Molecular Description下UniProtKB行的最后一个字版符串是序列代权码,点击进去就有一级序列了。我想从蛋白质的pdb文件中批量提取出序列的信息,怎么搞 我想从蛋白质的pdb文件中批量提取出序列的信息,怎么搞 你是想把蛋白的序列提取出来是吗,可以用perl写个脚本,先一个一个的打开pdb文件,然后读出以SEQRES开头的行,并写入到一个新的文件中。有什么好的免费的学习生物的软件? 1.三维分子类RASMOL:观看生物分子3D微观立体结构RasTop:为RasMol 2.7.1的图形用户界面软件CHIME:直接在浏览器中观看3D分子MolMol:将pdb等格式的蛋白文件通过微调,存成普通的图形文件raswin.exe.gz:rasmol(win)2.7.0.1 rasmol新版本及汉化版本CrystInfo:用来快速、容易地构建、观察与检查晶体3D结构PDViewer:PDB格式文件的查看程序Weblab Viewlite:三维分子浏览工具及大量分子文件例子Weblab ViewerPro:三维分子浏览工具ICMLite:三维分子浏览工具,有一些其他软件没有的功能VMD:三维分子浏览工具,可以进行动态显示CN3D:3D分子结构观察软件WPDB:PDB文件检索显示分析软件DTMM:三维分子模型显示、编辑与构建程序Mole:高性能的大分子三维图形显示计算工具gopenmol:显示并分析分子结构及其特性POV-Rayv:生成三维图像工具软件MolPOV:将PDB文件转化为POV格式文件的软件Mol2Mol:分子文件格式转换软件PovChem:将PDB文件转化为POV格式的文件Ortep-3 for Windows:生成分子的热椭圆形点图PLATON:通用结晶学软件工具Mage:读取并演示Kinemage格式文件的专用软件Prekin:将PDB格式文件转换为Kinemage格式文件Swiss-Pdb Viewer:PDB文件显示与分析软件DINAMO:蛋白。*.pdb是什么文件?怎样查看里面的文件? 一般用于电子书或手机电子书pdb是Palm DataBase的缩写,Palm OS所用文件的扩展名为.pdb。可以使用PalmReader打开。如果想把PDB文件转换成TXT文件查看,可以使用WavePDB转PDB文件阅读器一.设计思路好像PC端的PDB文件查看软件不多,一个PDBingo1.504其英文界面不说,就中文内容也显示不出就很不方便(都屏蔽成.了),鉴于这种情况,并且一些电子图书也只能在模拟器上看,如果碰到不同内码的汉字更是麻烦,鉴于此我利用工作之余写了这个免费程序,方便各位胖友查看PDB文件结果和查看电子图书,希望我的劳动能给各位带来方便。二.功能介绍1.查看PDB文件头信息,可以修改名称,模拟器不支持中文PDB名称文件使用此功能修改比较方便;2.查看所有记录,并显示各个记录的偏移地址、长度、属性、标识等信息;3.记录可以分文本方式、十六进制单记录以及浏览全部方式查看,并可以快速定位;4.可以浏览标准的电子书文件(包括压缩格式);5.可以转换BIG5的电子书为GB格式;6.可以转换GB的电子书为BIG5格式;7.可以设置、保存看书的前后景颜色和字体;8.可以保存PDB文件内容到文本文件;三.软件特点1.完全免费;2.完全支持中文;3.软件支持文件拖拽,拖住PDB文件往里扔即可显示该。如何查找基因涉及到的蛋白晶体结构,以及生成文件 (.pdb文件)。例如基因ZNF347。 很多基因所表达的蛋白晶体结构是尚没用研究报道的,因为做蛋白结晶是需要很高的试验技术水平和相关仪器设备的,大多数的实验室是没这个实力的。看你的问题,似乎是想查找感兴趣基因的相关研究文献吧。找科研文献比较容易:1、你可以上google学术搜索,输入感兴趣的关键词(包括基因名称、蛋白名称、物种名称、作者、作者单位等等等)就行;2、你可以登录NCBI网站,在里面的pubmed数据库中输入相关关键词进行搜索。搜索到的文献有的是可以免费获得全文的,有的则只能获得摘要,全文需要花钱购买。希望对你有所帮助。请问有什么资料可以看懂PDB数据库中显示的序列,那些图跟文字都代表什么,希望可以图文并茂,谢谢啦 dfshesh如何将人类每个染色体的序列整合到一个fasta文件 如何收集一个物种的所有蛋白质序列到一个FASTA文件里不可以能的。一个物种所包含的蛋白质有多少种?NCBI中储存的数据是按照单个蛋白质序列贮存的,而且都只是序列,NCBI不是二级结构数据库,要找二级结构去PDB找,在说了,就算你找到了所有的某个物种的所有蛋白质序列,您也基本上不可能找到所有对应的二级结构,因为PDB中已经测定的二级结构于NCBI已经测序的序列,那简直就相差太多了。二级结构目前已经准确则需的大概1.3W中蛋白质,而NCBI中的序列数据的一个月增长速度也许都要比这个高。所以LZ所说的基本上是不可能的,主要是二级结构

#pdb#人类染色体

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