基因注释文件生成矩阵python #。usr/bin/env pythoncoding：usrtf-8import osdef iterCombine(filename)：with open(filename，'rt')as handle：for ln in handle：s1，s2，s3=ln.strip().split('\\t')gene=s1.rstrip(；remk=s3.rstrip(\"\\n\")yield gene，remkdef getDataSet(filename，spliter='，')：with open(filename，'rt')as handle：return set(handle.read().strip(spliter))if_name_=\"_main_\"：datahome=r\"C：\\Users\\Administrator\\Desktop\\Gene_Combinegenes=getDataSet(os.path.join(datahome，\"基因去除重复.txt\"))remks=getDataSet(os.path.join(datahome，\"注释去除重复.txt\"))collector=dict()for gene，remk in iterCombine(os.path.joindatahome，\"Gene_Combine.txt\"))：if gene not in genes or remk not in remks：print(\"基因或注释未在定义文件中出现\")continuecollector.setdefault((gene，remk)，0)collector[(gene，remk)]+1for(gene，remk)，count in collector.iteritems()：print(\"%-30s%-40s%-2d\"%(gene，remk，count))
基因组中重复序列的意义 生物信息学的研究重点主要体现在基因组学和蛋白质学两方面，具体地说就是从核酸和蛋白质序列出62616964757a686964616fe58685e5aeb931333433653939发，分析序列中表达结构和功能的生物信息。生物信息学的基本任务是对各种生物分析序列进行分析，也就是研究新的计算机方法，从大量的序列信息中获取基因结构、功能和进化等知识。而在序列分析中，将未知序列同已知序列进行相似性比较是一种强有力的研究手段，从序列的片段测定，拼接，基因的表达分析，到RNA和蛋白质的结构功能预测。物种亲缘树的构建都需要进行生物分子序列的相似性比较。生物信息学中的序列比对算法的研究具有非常重要的理论意义和实践意义。基因组中由寡核苷酸串联，重复排列的DNA序列，构成数量可变的串联重复序列，其中，微卫星DNA又称为短串联重复片列，是一种可遗传的不稳定的且具有高度多态性的短核苷酸重复序列，具有种类多，分布广，高度多态性等特点，这种多态性标志已广泛用于遗传病及亲子鉴定等.短序列比对中，一般常用的算法主要有三个：（1）空位种子片段索引法，首先将读段切分，并选取其中一段或几段作为种子建立搜索索引，再通过查找索引、延展匹配来实现读段定位，通过轮换种子考虑允许出现错配）的。
协方差矩阵有什么意义？ zengl18：【讨论组】Asset Co-Movement ？ zhuanlan.zhihu.com AR这个指标相当有用。2、通过对多类资产收益率协方差矩阵进行主成分分析，提取前几个主成分找到对应的宏观。
